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遗传变异分类标准与指南

2018-11-27《中国科学》杂志社

摘要

       美国医(yi)学(xue)遗传学(xue)与(yu)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)组(zu)(zu)学(xue)学(xue)会(hui)(hui)(The American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)曾制定过(guo)序列变异(yi)(yi)(yi)解(jie)(jie)读指南(nan). 在(zai)(zai)过(guo)去的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)十(shi)年中(zhong)(zhong), 随(sui)着新(xin)(xin)一(yi)代(dai)(dai)高通(tong)量测(ce)(ce)(ce)序的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)出(chu)现, 测(ce)(ce)(ce)序技(ji)术(shu)有了快速发展. 利用新(xin)(xin)一(yi)代(dai)(dai)测(ce)(ce)(ce)序技(ji)术(shu), 临床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)检测(ce)(ce)(ce)遗传性(xing)(xing)疾病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)产品种(zhong)类(lei)不(bu)断(duan)增加, 包(bao)(bao)括基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)分(fen)(fen)型(xing)、单基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)、基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)包(bao)(bao)、外(wai)显(xian)子(zi)(zi)(zi)组(zu)(zu)、基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)组(zu)(zu)、转录组(zu)(zu)和(he)(he)(he)(he)(he)表观遗传学(xue)检测(ce)(ce)(ce). 随(sui)着技(ji)术(shu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)复杂性(xing)(xing)日益增加, 基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)检测(ce)(ce)(ce)在(zai)(zai)序列解(jie)(jie)读方面不(bu)断(duan)面临着新(xin)(xin)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)挑战. 因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)此ACMG在(zai)(zai)2013年成(cheng)立了一(yi)个(ge)工(gong)作(zuo)(zuo)组(zu)(zu)来(lai)重新(xin)(xin)审(shen)视和(he)(he)(he)(he)(he)修订(ding)序列变异(yi)(yi)(yi)解(jie)(jie)读的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)标(biao)准(zhun)和(he)(he)(he)(he)(he)指南(nan), 工(gong)作(zuo)(zuo)组(zu)(zu)包(bao)(bao)括ACMG、分(fen)(fen)子(zi)(zi)(zi)病(bing)理(li)协会(hui)(hui)(theAssociation for Molecular Pathology, AMP)和(he)(he)(he)(he)(he)美国病(bing)理(li)学(xue)家协会(hui)(hui)(theCollege of American Pathologists, CAP)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)代(dai)(dai)表. 该(gai)工(gong)作(zuo)(zuo)组(zu)(zu)由临床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)主任和(he)(he)(he)(he)(he)临床(chuang)医(yi)生组(zu)(zu)成(cheng). 本(ben)报(bao)告(gao)代(dai)(dai)表了工(gong)作(zuo)(zuo)组(zu)(zu)中(zhong)(zhong)来(lai)自(zi)ACMG, AMP和(he)(he)(he)(he)(he)CAP的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)专家意(yi)见. 本(ben)报(bao)告(gao)提(ti)出(chu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)建(jian)议(yi)可应用于临床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)各种(zhong)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)检测(ce)(ce)(ce)方法, 包(bao)(bao)括基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)分(fen)(fen)型(xing)、单基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)、基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)包(bao)(bao)、外(wai)显(xian)子(zi)(zi)(zi)组(zu)(zu)和(he)(he)(he)(he)(he)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)组(zu)(zu). 本(ben)报(bao)告(gao)建(jian)议(yi)使(shi)用特定标(biao)准(zhun)术(shu)语来(lai)描(miao)述孟德尔疾病(bing)相(xiang)关的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)变异(yi)(yi)(yi)——“致(zhi)病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”、“可能(neng)致(zhi)病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”、“意(yi)义(yi)不(bu)明确的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”、“可能(neng)良(liang)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”和(he)(he)(he)(he)(he)“良(liang)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”. 此外(wai), 本(ben)报(bao)告(gao)描(miao)述了基(ji)(ji)于典型(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)数据类(lei)型(xing)(如人群(qun)数据, 计算数据, 功(gong)能(neng)数据, 共分(fen)(fen)离数据)对变异(yi)(yi)(yi)进行五级分(fen)(fen)类(lei)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)标(biao)准(zhun)过(guo)程. 由于临床(chuang)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)检测(ce)(ce)(ce)分(fen)(fen)析和(he)(he)(he)(he)(he)解(jie)(jie)读中(zhong)(zhong)不(bu)断(duan)增加的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)复杂性(xing)(xing), ACMG强(qiang)烈建(jian)议(yi)临床(chuang)分(fen)(fen)子(zi)(zi)(zi)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)检测(ce)(ce)(ce)应在(zai)(zai)符合临床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)改进修正案(CLIA)认(ren)证的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)中(zhong)(zhong)进行, 其检测(ce)(ce)(ce)结(jie)果应由通(tong)过(guo)职业认(ren)证的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)临床(chuang)分(fen)(fen)子(zi)(zi)(zi)遗传学(xue)家或分(fen)(fen)子(zi)(zi)(zi)遗传病(bing)理(li)学(xue)家或相(xiang)同职能(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)专业人员解(jie)(jie)读.

介(jie)绍:

       随(sui)着遗传(chuan)病患者(zhe)样本中(zhong)所(suo)检测基因(yin)(yin)数(shu)目(mu)的快(kuai)速增加, 临(lin)床分子(zi)实验(yan)室检测到越(yue)来越(yue)多(duo)(duo)的新的序列变(bian)(bian)异(yi). 某(mou)(mou)些(xie)表型仅与单(dan)个(ge)基因(yin)(yin)相关, 而多(duo)(duo)数(shu)表型与多(duo)(duo)个(ge)基因(yin)(yin)相关. 对某(mou)(mou)个(ge)给定(ding)序列变(bian)(bian)异(yi)的临(lin)床意(yi)义进行分级(ji)解(jie)读(du), 从某(mou)(mou)个(ge)变(bian)(bian)异(yi)几乎可(ke)以肯定(ding)是某(mou)(mou)种疾病的致病性变(bian)(bian)异(yi)到几乎可(ke)以肯定(ding)是良(liang)性变(bian)(bian)异(yi). 虽(sui)然(ran)ACMG之前的建议提供了序列变(bian)(bian)异(yi)的解(jie)读(du)分类(lei)及(ji)解(jie)读(du)的算(suan)法, 但(dan)并没有(you)提供明(ming)确(que)的术语或详细的变(bian)(bian)异(yi)分类(lei)指(zhi)导. 本研究依据(ju)(ju)专家意(yi)见及(ji)经验(yan)数(shu)据(ju)(ju), 阐述(shu)了最新的序列变(bian)(bian)异(yi)分类(lei)标(biao)准和指(zhi)南.

1. 方法

       2013年, ACMG, AMP和CAP的(de)(de)(de)成(cheng)(cheng)员, 代(dai)表(biao)(biao)临床实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)主任和临床医生成(cheng)(cheng)立了一个(ge)工作(zuo)组, 该(gai)工作(zuo)组依据(ju)专家建议、工作(zuo)组共识和公众反馈(kui)开(kai)(kai)发了一种可(ke)以对现有的(de)(de)(de)证(zheng)据(ju)进(jin)行加权的(de)(de)(de)系(xi)统,并应用(yong)此系(xi)统对序(xu)(xu)列变异进(jin)行标(biao)准分类. 为了评(ping)估临床实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)的(de)(de)(de)观点(dian),对列入GeneTests.org上位于美国和加拿大的(de)(de)(de)超(chao)过(guo)(guo)100家的(de)(de)(de)测(ce)序(xu)(xu)实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)进(jin)行了调(diao)研(yan), 要(yao)求各实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)填写参考术语及变异分类的(de)(de)(de)评(ping)估证(zheng)据(ju). 这些(xie)实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)有检测(ce)包括罕见病、药(yao)物基因组学和癌症体细胞突变的(de)(de)(de)经(jing)验(yan). 第一次调(diao)研(yan)于2013年2月开(kai)(kai)展(zhan), 该(gai)调(diao)研(yan)旨在评(ping)估参考术语的(de)(de)(de)偏(pian)好, 调(diao)研(yan)结果(guo)公布在同(tong)年ACMG年会(hui)(hui)公开(kai)(kai)论坛(tan)上, 该(gai)年会(hui)(hui)有超(chao)过(guo)(guo)75个(ge)与会(hui)(hui)者(zhe)参加. 调(diao)研(yan)结果(guo)代(dai)表(biao)(biao)超(chao)过(guo)(guo)45个(ge)位于北美的(de)(de)(de)实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi). 调(diao)研(yan)和公开(kai)(kai)论坛(tan)的(de)(de)(de)结果(guo)表(biao)(biao)明(ming): (i) 五级术语系(xi)统“致病的(de)(de)(de)”、“可(ke)能(neng)致病的(de)(de)(de)”、“意义不明(ming)确的(de)(de)(de)”、“可(ke)能(neng)良性的(de)(de)(de)”和“良性的(de)(de)(de)”是优选认可(ke)的(de)(de)(de), 且(qie)已(yi)在多数实(shi)(shi)(shi)验(yan)室(shi)(shi)(shi)使(shi)用(yong);(ii) 工作(zuo)组的(de)(de)(de)首(shou)要(yao)重点(dian)应着重于孟德尔疾病和线(xian)粒体变异. 

       在第(di)一(yi)(yi)次调研(yan)中(zhong), 参与(yu)的(de)(de)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)被要求提供(gong)他(ta)们(men)的(de)(de)变(bian)异(yi)评(ping)估方法, 最终有11个(ge)(ge)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)提供(gong)并分(fen)享了他(ta)们(men)的(de)(de)变(bian)异(yi)评(ping)估方法. 通过分(fen)析所有提交的(de)(de)方法, 工作(zuo)组(zu)制定(ding)了一(yi)(yi)组(zu)准则(ze), 包(bao)括变(bian)异(yi)证据评(ping)估的(de)(de)加权(quan)标(biao)准体(ti)系和(he)应用这个(ge)(ge)标(biao)准将变(bian)异(yi)归类(lei)(lei)(lei)为五类(lei)(lei)(lei)的(de)(de)分(fen)类(lei)(lei)(lei)准则(ze). 在今(jin)后(hou)的(de)(de)几周(zhou)时间里, 工作(zuo)组(zu)成员(yuan)通过在自己实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)或其他(ta)机构已进(jin)行(xing)分(fen)类(lei)(lei)(lei)的(de)(de)变(bian)异(yi)来验(yan)(yan)证这个(ge)(ge)方案(an). 另外, 还将典型(xing)变(bian)异(yi)的(de)(de)常(chang)见证据进(jin)行(xing)分(fen)类(lei)(lei)(lei), 来测试(shi)工作(zuo)组(zu)成员(yuan)达成一(yi)(yi)致(zhi)的(de)(de)现有方法是否可以(yi)对这些变(bian)异(yi)进(jin)行(xing)分(fen)类(lei)(lei)(lei). 2013年(nian)8月, 第(di)二次调研(yan)在GeneTests.org上的(de)(de)相(xiang)同(tong)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)以(yi)及AMP清单上的(de)(de)约2000个(ge)(ge)单位(wei)中(zhong)进(jin)行(xing), 同(tong)时给各单位(wei)提供(gong)了分(fen)类(lei)(lei)(lei)方案(an)和(he)详细的(de)(de)方案(an)补充说(shuo)明, 要求各实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)使用该分(fen)类(lei)(lei)(lei)方案(an)并对以(yi)下内容进(jin)行(xing)反(fan)馈(kui), 包(bao)括各标(biao)准的(de)(de)适宜(yi)性和(he)每个(ge)(ge)标(biao)准的(de)(de)相(xiang)对权(quan)重、分(fen)类(lei)(lei)(lei)体(ti)系的(de)(de)易用性以(yi)及他(ta)们(men)是否会在自己的(de)(de)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)采用这样的(de)(de)体(ti)系. 来自超过33个(ge)(ge)实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)的(de)(de)答复表(biao)明多数实(shi)验(yan)(yan)室(shi)(shi)支持所推荐的(de)(de)分(fen)类(lei)(lei)(lei)方案(an), 同(tong)时, 他(ta)们(men)的(de)(de)反(fan)馈(kui)进(jin)一(yi)(yi)步地指(zhi)(zhi)导了标(biao)准和(he)指(zhi)(zhi)南的(de)(de)完(wan)善. 

       2013年11月(yue), 工(gong)作组(zu)在AMP会议(yi)期(qi)间举行了(le)(le)超过50人(ren)参加的研讨会, 提出(chu)了(le)(le)修订后的分(fen)类(lei)(lei)标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun)和两个(ge)评(ping)分(fen)体(ti)系(xi)(xi)(xi). 一(yi)(yi)个(ge)体(ti)系(xi)(xi)(xi)与(yu)这里介(jie)绍(shao)的方法(fa)是一(yi)(yi)致的, 另一(yi)(yi)个(ge)体(ti)系(xi)(xi)(xi)则是一(yi)(yi)个(ge)分(fen)数体(ti)系(xi)(xi)(xi), 每一(yi)(yi)项标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun)都有(you)一(yi)(yi)个(ge)分(fen)数, 正分(fen)数为致病标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun), 负(fu)分(fen)数为良(liang)性(xing)标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun),根据(ju)总分(fen)数进(jin)行变异分(fen)类(lei)(lei). 参与(yu)者(zhe)使用此系(xi)(xi)(xi)统并进(jin)行反馈, 回答(da)在评(ping)估变异证据(ju)过程中他(ta)们如(ru)何权衡各个(ge)标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun)(如(ru)强(qiang)、中度(du)或支(zhi)持、或不使用). 参与(yu)者(zhe)的反馈结果再(zai)次综合到这里介(jie)绍(shao)的分(fen)类(lei)(lei)体(ti)系(xi)(xi)(xi)中. 但(dan)(dan)要指(zhi)出(chu)的是, 虽(sui)然大多数回复更倾(qing)向(xiang)于(yu)分(fen)数评(ping)价体(ti)系(xi)(xi)(xi), 但(dan)(dan)本(ben)工(gong)作组(zu)认为, 每个(ge)标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun)中具体(ti)分(fen)数的设置 量(liang)化(hua)了(le)(le)对每个(ge)标(biao)(biao)准(zhun)(zhun)(zhun)的理解, 但(dan)(dan)是这一(yi)(yi)量(liang)化(hua)指(zhi)标(biao)(biao)目(mu)前缺乏科(ke)学依据(ju), 并且没有(you)考虑遗(yi)传(chuan)证据(ju)解读时的复杂性(xing). 

       工作(zuo)组(zu)(zu)还评估了(le)文献中(zhong)(zhong)推(tui)荐的(de)(de)(de)(de)(de)其他(ta)专业(ye)协会和(he)工作(zuo)组(zu)(zu)在(zai)乳腺癌、结肠癌和(he)囊性纤维(wei)化(hua)中(zhong)(zhong)已制定(ding)的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)类(lei)指南(nan), 以及在(zai)特定(ding)疾病中(zhong)(zhong)应用(yong)统计分(fen)析(xi)来进(jin)行变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)定(ding)量评估的(de)(de)(de)(de)(de)方法(fa)[2~5]. 这些变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)析(xi)指南(nan)在(zai)特定(ding)条件下是有效的(de)(de)(de)(de)(de), 但很难(nan)将他(ta)们推(tui)荐的(de)(de)(de)(de)(de)标(biao)准应用(yong)于所(suo)(suo)有基(ji)(ji)因(yin)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)及不同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)实验室条件. 本文描述的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)类(lei)方法(fa)适用(yong)于所(suo)(suo)有孟德(de)尔基(ji)(ji)因(yin)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi), 包括单基(ji)(ji)因(yin)、多基(ji)(ji)因(yin)包、外显(xian)子组(zu)(zu)和(he)基(ji)(ji)因(yin)组(zu)(zu)测序发(fa)现的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi). 期(qi)望这种变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)类(lei)方法(fa)会随着技术(shu)和(he)知(zhi)识水平的(de)(de)(de)(de)(de)提高(gao)而(er)与(yu)时俱进(jin). 由(you)于不同(tong)基(ji)(ji)因(yin)和(he)不同(tong)疾病中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)应用(yong)和(he)加(jia)权评估的(de)(de)(de)(de)(de)标(biao)准可能不同(tong), 特定(ding)疾病组(zu)(zu)的(de)(de)(de)(de)(de)工作(zuo)应继续, 以制定(ding)更(geng)有针对性的(de)(de)(de)(de)(de)具体基(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)类(lei)指南(nan).

2. 总论

2.1  术语

       突变(bian)(bian)是指核苷酸(suan)序列的(de)(de)永久性(xing)(xing)改变(bian)(bian), 而多态性(xing)(xing)是指频率超(chao)过1%的(de)(de)变(bian)(bian)异. 虽然(ran)术(shu)语“突变(bian)(bian)”和“多态性(xing)(xing)”已(yi)被广泛使(shi)用, 但由于这两个术(shu)语已(yi)经错(cuo)误地与致病(bing)性(xing)(xing)和良(liang)性(xing)(xing)结果关(guan)联了起(qi)来, 所(suo)(suo)以(yi)往(wang)往(wang)会造成混淆. 因此(ci), 建议(yi)使(shi)用“变(bian)(bian)异”加以(yi)下(xia)修(xiu)饰(shi)词(ci)替代(dai)上述两个术(shu)语: 致病(bing)性(xing)(xing)的(de)(de)、可能致病(bing)性(xing)(xing)的(de)(de)、意义不明(ming)确的(de)(de)、可能良(liang)性(xing)(xing)的(de)(de)或良(liang)性(xing)(xing)的(de)(de). 虽然(ran)这些修(xiu)饰(shi)词(ci)不可能适用所(suo)(suo)有(you)的(de)(de)人类(lei)表型(xing), 但是正如本(ben)指南(nan)提(ti)出的(de)(de)它包(bao)含了孟(meng)德尔(er)疾(ji)病(bing)相关(guan)的(de)(de)变(bian)(bian)异分类(lei)五级系统. 建议(yi)所(suo)(suo)有(you)致病(bing)性(xing)(xing)(包(bao)括可能致病(bing))的(de)(de)结论(lun)需要注明(ming)疾(ji)病(bing)及相应的(de)(de)遗传(chuan)(chuan)模(mo)式(如c.1521_1523delCTT(p.Phe508del), 致病(bing)性(xing)(xing), 囊性(xing)(xing)纤维化(hua), 常染色体隐性(xing)(xing)遗传(chuan)(chuan)). 

       应当注(zhu)意的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi), 一(yi)些(xie)实验室(shi)可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)选择(ze)其他等级(ji)(如意义(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)明确(que)(que)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)子分类(lei), 特(te)别是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)内部使(shi)用时), 这(zhei)(zhei)种(zhong)做法不(bu)(bu)被认(ren)为(wei)与指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)(nan)不(bu)(bu)一(yi)致. 还(hai)应当指(zhi)(zhi)(zhi)出(chu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi), 某(mou)种(zhong)程度上(shang)本指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)(nan)推荐的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)术(shu)语(yu)与细(xi)胞遗传学基(ji)因芯片检测(ce)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)拷(kao)贝(bei)数变(bian)异(yi)(yi)(yi)分类(lei)不(bu)(bu)同(tong). 虽然拷(kao)贝(bei)数变(bian)异(yi)(yi)(yi)分类(lei)系统(tong)也包括五级(ji)分类(lei)标准(zhun), 但是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)它(ta)使(shi)用“临床意义(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)明确(que)(que)-可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)致病的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”和“临床意义(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)明确(que)(que)-可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”. 由于(yu)(yu)本指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)(nan)提出(chu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”变(bian)异(yi)(yi)(yi)分类(lei)标准(zhun)比拷(kao)贝(bei)数变(bian)异(yi)(yi)(yi)分类(lei)指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)(nan)中用到(dao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”包含更(geng)强的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)证(zheng)据, 合(he)并(bing)这(zhei)(zhei)两个(ge)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”分类(lei)会使(shi)医(yi)务工作(zuo)者(zhe)(zhe)和临床报告接(jie)收者(zhe)(zhe)产生混淆(xiao), 因此大(da)多(duo)(duo)数工作(zuo)组成员(yuan)不(bu)(bu)支(zhi)持(chi)使(shi)用“意义(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)明确(que)(que)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”来(lai)(lai)修饰“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)致病的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”或“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”.然而(er)(er)(er), 有(you)(you)人认(ren)为(wei)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”一(yi)词(ci)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)使(shi)用应限于(yu)(yu)有(you)(you)数据支(zhi)持(chi)其致病性(xing)(xing)或良性(xing)(xing)可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)性(xing)(xing)很大(da)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)异(yi)(yi)(yi). 虽然对“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”一(yi)词(ci)没(mei)有(you)(you)量(liang)化的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)定(ding)(ding)义(yi)(yi)(yi), 但是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)在(zai)某(mou)些(xie)变(bian)异(yi)(yi)(yi)分类(lei)系统(tong)中已有(you)(you)指(zhi)(zhi)(zhi)导性(xing)(xing)意见. 然而(er)(er)(er), ACMG开放论坛的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)项调查建议(yi)(yi)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”这(zhei)(zhei)一(yi)术(shu)语(yu)具(ju)(ju)有(you)(you)更(geng)广泛的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)适用性(xing)(xing). 认(ren)识(shi)到(dao)这(zhei)(zhei)一(yi)点(dian), 建议(yi)(yi)术(shu)语(yu)“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)致病的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”和“可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)”用来(lai)(lai)说明一(yi)个(ge)具(ju)(ju)有(you)(you)大(da)于(yu)(yu)90%可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)引(yin)起致病或者(zhe)(zhe)可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)异(yi)(yi)(yi), 尽管是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)人为(wei)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)界定(ding)(ding), 但还(hai)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)给实验室(shi)提供(gong)了一(yi)种(zhong)共(gong)同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)定(ding)(ding)义(yi)(yi)(yi). 类(lei)似地(di), 国际(ji)癌症机(ji)构指(zhi)(zhi)(zhi)南(nan)(nan)(nan)支(zhi)持(chi)致病性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)确(que)(que)定(ding)(ding)水平为(wei)95%, 但是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)工作(zuo)组(通(tong)过ACMG公(gong)开论坛期(qi)间的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)反(fan)馈确(que)(que)认(ren))认(ren)为(wei), 临床医(yi)生和患者(zhe)(zhe)愿意容忍(ren)略高的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)错误(wu)机(ji)会, 从而(er)(er)(er)做出(chu)确(que)(que)定(ding)(ding)为(wei)90%的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)决定(ding)(ding). 还(hai)应当指(zhi)(zhi)(zhi)出(chu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi), 考虑到(dao)多(duo)(duo)数疾病具(ju)(ju)有(you)(you)异(yi)(yi)(yi)质(zhi)性(xing)(xing), 目(mu)前大(da)多(duo)(duo)数变(bian)异(yi)(yi)(yi)没(mei)有(you)(you)数据能(neng)(neng)(neng)(neng)将它(ta)们量(liang)化性(xing)(xing)地(di)归(gui)于(yu)(yu)上(shang)述五个(ge)变(bian)异(yi)(yi)(yi)类(lei)别之一(yi). 希望随着时间的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)推移, 能(neng)(neng)(neng)(neng)够建立实验和统(tong)计方法来(lai)(lai)客观(guan)地(di)赋予变(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)致病可(ke)(ke)(ke)信度, 并(bing)且采用更(geng)严格的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)方法来(lai)(lai)定(ding)(ding)义(yi)(yi)(yi)临床专业人员(yuan)所期(qi)望达到(dao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)(ke)(ke)信度, 从而(er)(er)(er)能(neng)(neng)(neng)(neng)更(geng)完整(zheng)地(di)诠(quan)释这(zhei)(zhei)些(xie)术(shu)语(yu)及可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)(neng)性(xing)(xing).

       新术语的(de)使(shi)用(yong)可能需要专业培训(xun), 鼓(gu)(gu)励专业团(tuan)队对所有实(shi)验室和医务(wu)工作者(zhe)进(jin)行这(zhei)些术语的(de)培训(xun), 也鼓(gu)(gu)励实(shi)验室直接对其开具检测报告单的(de)医生进(jin)行培训(xun)教育.

2.2  命名

       建议(yi)通(tong)过一套规范的(de)标准(zhun)对(dui)变(bian)异(yi)进行统一命(ming)(ming)名(ming)(ming)来确(que)保变(bian)异(yi)的(de)明(ming)确(que)定义, 并实(shi)现基(ji)因组信息的(de)有(you)(you)效共享和下(xia)游(you)使用(yong). 标准(zhun)的(de)基(ji)因变(bian)异(yi)命(ming)(ming)名(ming)(ming)由人类基(ji)因组变(bian)异(yi)协会(the Human GenomeVariation Society, HGVS)维护和版本(ben)(ben)化(http://www.hgvs.org/mutnomen), 除非(fei)另有(you)(you)说明(ming), 一般推荐该命(ming)(ming)名(ming)(ming)法作为确(que)定变(bian)异(yi)命(ming)(ming)名(ming)(ming)的(de)首(shou)要准(zhun)则. 实(shi)验(yan)室应(ying)该注意(yi)他们在(zai)实(shi)验(yan)方法中所使用(yong)的(de)版本(ben)(ben). 当(dang)描述变(bian)异(yi)时, 可利用(yong)这些工具提供正确(que)的(de)HGVS命(ming)(ming)名(ming)(ming)(http://mutalyzer.nl)[7].临床报告应(ying)该包(bao)含参考(kao)序(xu)列以(yi)确(que)保该变(bian)异(yi)在(zai)DNA水平上的(de)明(ming)确(que)命(ming)(ming)名(ming)(ming),并提供编(bian)码和蛋(dan)白(bai)质命(ming)(ming)名(ming)(ming)法来协助功(gong)能注释(如“g”为基(ji)因组序(xu)列, “c”为编(bian)码DNA序(xu)列, “p”为蛋(dan)白(bai)质, “m”为线粒体). 

       编(bian)码(ma)命(ming)名应该(gai)使(shi)用(yong)翻译起始密码(ma)子ATG中的(de)(de)“A”作为位(wei)置编(bian)号1来(lai)描述. 在传统(tong)命(ming)名已被使(shi)用(yong)的(de)(de)地方, 当(dang)(dang)今命(ming)名应该(gai)对(dui)传统(tong)命(ming)名进行(xing)额外(wai)注(zhu)释(shi). 参考序列(lie)应该(gai)是(shi)(shi)(shi)完整的(de)(de), 并来(lai)源于具有版本(ben)(ben)(ben)号的(de)(de)美国生物技术信息参考序列(lie)数(shu)据库(ku)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Refseq/)或LRG数(shu)据库(ku)(http://www.lrg-sequence.org). 基(ji)因(yin)组坐标应根据标准基(ji)因(yin)组版本(ben)(ben)(ben)(如hg19)或覆(fu)盖整个(ge)基(ji)因(yin)(包括5'和3'非翻译区(qu)(qu)以及启动(dong)子)的(de)(de)基(ji)因(yin)组参考序列(lie)来(lai)界定. 当(dang)(dang)描述编(bian)码(ma)变(bian)(bian)异(yi)时, 应该(gai)在报告(gao)中使(shi)用(yong)和提供每(mei)个(ge)基(ji)因(yin)的(de)(de)一个(ge)参考转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben). 该(gai)转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben)应该(gai)是(shi)(shi)(shi)最(zui)(zui)长的(de)(de)已知转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben)或者是(shi)(shi)(shi)最(zui)(zui)具临(lin)床(chuang)相关(guan)性的(de)(de)转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben). 协(xie)会支持的(de)(de)参考转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben)通常可以通过LRG数(shu)据库(ku)(http://www.lrg-sequence.org)、CDS共(gong)识数(shu)据库(ku)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/ CcdsBrowse.cgi)、人类基(ji)因(yin)突变(bian)(bian)数(shu)据库(ku)(http:// www.hgmd.cf.ac.uk)、ClinVar(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar)或特异(yi)基(ji)因(yin)座数(shu)据库(ku)来(lai)确(que)定. 然而(er), 当(dang)(dang)这些区(qu)(qu)域发生临(lin)床(chuang)可解释(shi)的(de)(de)已知变(bian)(bian)异(yi)时, 实验室应该(gai)评估(gu)该(gai)变(bian)(bian)异(yi)对(dui)所有临(lin)床(chuang)相关(guan)的(de)(de)转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben)的(de)(de)影(ying)响(xiang), 包括含有其他外(wai)显子或非翻译区(qu)(qu)延伸的(de)(de)可变(bian)(bian)剪切转(zhuan)(zhuan)录(lu)(lu)(lu)本(ben)(ben)(ben). 

       HGVS(http://www.hgvs.org/mutnomen)并(bing)未覆盖所(suo)有类(lei)型的(de)(de)(de)变(bian)异(yi)(如复(fu)杂变(bian)异(yi)), 但是复(fu)杂变(bian)异(yi)的(de)(de)(de)可能(neng)描述已被(bei)报(bao)道[8]. 此(ci)外(wai)(wai), ACMG支持HGVS命(ming)名规则之外(wai)(wai)的(de)(de)(de)三种特殊例外(wai)(wai): (i) 除(chu)了当今HGVS推荐的(de)(de)(de)“*”和“Ter”, “X”仍然被(bei)认为(wei)用于(yu)报(bao)告(gao)无义变(bian)异(yi); (ii) 建(jian)议根据指定变(bian)异(yi)选择的(de)(de)(de)参考转录本对外(wai)(wai)显子进行编号; (iii) 通常因为(wei)临床解释直接评估致(zhi)病性(xing), 所(suo)以推荐使用术语(yu)“致(zhi)病性(xing)”而不是“影响功能(neng)”.

2.3  文(wen)献及(ji)数据库使用

       目前人类(lei)基因组中大量变异(yi)不断被(bei)发(fa)现, 且已(yi)被(bei)许多数(shu)据库(ku)(ku)广泛收录. 当临床(chuang)实验室需(xu)要对某一变异(yi)进(jin)行分类(lei)并(bing)出具(ju)报告时, 可在已(yi)有的数(shu)据库(ku)(ku)及(ji)发(fa)表的文献中寻找到(dao)有价值(zhi)的参考(kao)信(xin)息(xi). 如上文提及(ji), 序(xu)列(lie)数(shu)据库(ku)(ku)还(hai)可用于确定合适的参考(kao)序(xu)列(lie). 数(shu)据库(ku)(ku)有助于信(xin)息(xi)收集, 但需(xu)谨(jin)慎使用.

       人群数(shu)(shu)据(ju)库(ku)(表1)适用于获取某变异(yi)在(zai)(zai)大(da)规模人群中(zhong)发生频率的(de)(de)(de)相关(guan)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi). 需要注意的(de)(de)(de)是(shi), 人群数(shu)(shu)据(ju)库(ku)中(zhong)的(de)(de)(de)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi)不仅来源(yuan)于健(jian)(jian)康个(ge)体, 也(ye)包含致病(bing)性(xing)的(de)(de)(de)变异(yi). 另外, 人群数(shu)(shu)据(ju)库(ku)并不包含变异(yi)的(de)(de)(de)功能效应及可能关(guan)联的(de)(de)(de)表型等相关(guan)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi). 在(zai)(zai)使(shi)用人群数(shu)(shu)据(ju)库(ku)时, 须(xu)明确数(shu)(shu)据(ju)库(ku)收录(lu)的(de)(de)(de)是(shi)健(jian)(jian)康群体的(de)(de)(de)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi)还(hai)是(shi)患病(bing)群体的(de)(de)(de)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi); (如能确认)数(shu)(shu)据(ju)库(ku)是(shi)否收录(lu)了同一家庭多名成员的(de)(de)(de)信(xin)(xin)(xin)(xin)息(xi)(xi)以及数(shu)(shu)据(ju)库(ku)收录(lu)的(de)(de)(de)受试者的(de)(de)(de)年(nian)龄范围(wei).

       疾(ji)病(bing)(bing)数(shu)据(ju)库(ku)(表1)主要(yao)包(bao)含病(bing)(bing)患(huan)中发现(xian)的(de)(de)变异以(yi)及对(dui)其致病(bing)(bing)性的(de)(de)评估. 疾(ji)病(bing)(bing)数(shu)据(ju)库(ku)和特定基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)数(shu)据(ju)库(ku)常(chang)包(bao)含一些(xie)分(fen)类错误(wu)的(de)(de)变异, 这些(xie)变异在已发表的(de)(de)同行评审(shen)的(de)(de)文献中被(bei)(bei)错误(wu)判定, 而多数(shu)数(shu)据(ju)库(ku)在收录变异相关(guan)信息时(shi)(shi)并未对(dui)证据(ju)进行基(ji)本的(de)(de)审(shen)核. 因(yin)(yin)此, 在使用疾(ji)病(bing)(bing)数(shu)据(ju)库(ku)时(shi)(shi), 考虑患(huan)者是如(ru)何被(bei)(bei)确诊的(de)(de)尤为重(zhong)要(yao), 如(ru)下所述: 

       当使用(yong)数(shu)据(ju)(ju)(ju)库时, 临床实验(yan)室应做到(dao):(i) 确(que)(que)定(ding)数(shu)据(ju)(ju)(ju)库的(de)(de)(de)更新频率, 确(que)(que)定(ding)数(shu)据(ju)(ju)(ju)库收录(lu)相(xiang)关(guan)数(shu)据(ju)(ju)(ju)时是(shi)否进行了校勘, 以及采用(yong)什么方法进行数(shu)据(ju)(ju)(ju)校勘; (ii) 确(que)(que)认采用(yong)HGVS命名体系, 并(bing)确(que)(que)定(ding)描(miao)述变异的(de)(de)(de)基因组(zu)版本和转(zhuan)录(lu)本参(can)考(kao)序(xu)(xu)列(lie); (iii) 确(que)(que)定(ding)数(shu)据(ju)(ju)(ju)分(fen)析(xi)准确(que)(que)度的(de)(de)(de)验(yan)证(zheng)程度(如变异是(shi)源自于低覆盖的(de)(de)(de)新一代(dai)测(ce)序(xu)(xu), 还是(shi)通过了Sanger测(ce)序(xu)(xu)验(yan)证(zheng)), 并(bing)分(fen)析(xi)用(yong)于评估数(shu)据(ju)(ju)(ju)准确(que)(que)度的(de)(de)(de)各(ge)种指标(biao), 要获得这(zhei)些信(xin)息可能需要阅读(du)相(xiang)关(guan)的(de)(de)(de)文(wen)献; (iv) 确(que)(que)定(ding)收录(lu)对象的(de)(de)(de)来源及其(qi)唯一性(xing).

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       变异解读(du)也需要(yao)(yao)检索(suo)科学和(he)医学文(wen)(wen)献. 在参考(kao)一些采用旧的命(ming)名和(he)分类系统或基(ji)于(yu)(yu)(yu)单一观察(cha)结(jie)果(guo)的文(wen)(wen)献时(shi)需要(yao)(yao)慎重(zhong). 在参考(kao)携带某一变异并(bing)伴有相(xiang)关表型的个体和(he)家系的信息时(shi), 考(kao)虑患(huan)者(zhe)是如何被确诊尤为(wei)重(zhong)要(yao)(yao). 在评估这些文(wen)(wen)献的数(shu)据时(shi)需要(yao)(yao)谨慎客观, 这是由于(yu)(yu)(yu)受(shou)累(lei)患(huan)者(zhe)及相(xiang)关个体在基(ji)于(yu)(yu)(yu)不同(tong)背景和(he)规模的研究中常常被多次重(zhong)复报(bao)道(dao). 重(zhong)复报(bao)道(dao)的发生(sheng)可能(neng)是由于(yu)(yu)(yu)作(zuo)(zuo)者(zhe)重(zhong)叠、实验室间合作(zuo)(zuo)或先证者(zhe)及其家庭成员(yuan)同(tong)时(shi)被不同(tong)临床系统随访. 而这些重(zhong)复报(bao)道(dao)可能(neng)会导致受(shou)累(lei)个体被错误地重(zhong)复计数(shu), 进而使(shi)变异频率假性增(zeng)高. 作(zuo)(zuo)者(zhe)或其研究机构互(hu)相(xiang)重(zhong)叠是发现数(shu)据集重(zhong)复的第一线索(suo).

       临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室应(ying)建立一个内(nei)部系统对(dui)已报告的(de)(de)基因(yin)序列变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)及(ji)临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)诊断(duan)进行(xing)记录. 这对(dui)于分析基因(yin)型-表型之间的(de)(de)相关性, 以(yi)及(ji)该(gai)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)在患者(zhe)和正常(chang)人(ren)(ren)群中的(de)(de)发生频率尤为重要. 临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室也应(ying)该(gai)积极提交变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)到相关数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku), 如ClinVar数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku), 包含提交临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)评估信息以(yi)及(ji)用于变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分类的(de)(de)证据(ju)(ju)(ju), 以(yi)帮助人(ren)(ren)们不断(duan)加深对(dui)人(ren)(ren)类遗传变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)所产生的(de)(de)效(xiao)应(ying)的(de)(de)理解. 在任何时(shi)候, 提供(gong)临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)应(ying)遵(zun)循“健康保(bao)险携带和责任法案(HIPAA)”对(dui)个人(ren)(ren)隐私保(bao)护的(de)(de)规定. 临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室应(ying)与临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)医生合作, 以(yi)获得临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)信息, 从而更好地(di)理解基因(yin)型是如何影(ying)响临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)表型的(de)(de), 并解决不同(tong)实(shi)验(yan)(yan)室对(dui)遗传变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)解读存在差(cha)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)问题. 临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)极大(da)地(di)促进临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室工作的(de)(de)开(kai)展(zhan), 因(yin)此需对(dui)其进行(xing)扩展(zhan)并标(biao)准化. 标(biao)准化便于临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)实(shi)验(yan)(yan)室获取数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)的(de)(de)最新(xin)信息, 同(tong)时(shi)有助于提交更新(xin)的(de)(de)信息. 例如,ClinVar数(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)允许变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)连同(tong)临(lin)(lin)(lin)(lin)床(chuang)表型和诊断(duan)相关信息一并提交, 同(tong)时(shi)追踪提交变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)审核(he)状态, 以(yi)便对(dui)校勘质量的(de)(de)水平(ping)提供(gong)一个更加透明的(de)(de)概貌(mao).

2.4  生(sheng)物信息(xi)学计算(suan)预测程(cheng)序(xu)

       各种公共和商业化计算机工具可(ke)以(yi)辅助解读序列变异(yi)(yi). 每种工具使用(yong)的(de)(de)算法可(ke)能有差(cha)异(yi)(yi), 但都会(hui)包含序列变异(yi)(yi)在核苷酸(suan)及氨基酸(suan)水平上(shang)作用(yong)影响(xiang)的(de)(de)判断, 包括(kuo)变异(yi)(yi)对(dui)主要转(zhuan)录本, 可(ke)变转(zhuan)录本, 其(qi)他(ta)基因组元件影响(xiang)作用(yong)的(de)(de)确认, 也包括(kuo)对(dui)蛋白质(zhi)潜在影响(xiang)作用(yong)的(de)(de)判定. 这些工具主要分为两类(lei): 一类(lei)可(ke)以(yi)预(yu)测错义变异(yi)(yi)是(shi)否会(hui)破坏(huai)蛋白质(zhi)的(de)(de)功能或结构; 另一种可(ke)以(yi)预(yu)测是(shi)否影响(xiang)剪接(表2). 新的(de)(de)工具已可(ke)以(yi)处理(li)额外(wai)的(de)(de)非编(bian)码(ma)序列. 

       错(cuo)(cuo)(cuo)义改(gai)变(bian)(bian)(bian)的(de)(de)影响作(zuo)用(yong)(yong)是由不(bu)同的(de)(de)条(tiao)件(jian)决定的(de)(de), 例如一个(ge)(ge)氨(an)基(ji)酸(suan)(suan)或(huo)核苷酸(suan)(suan)的(de)(de)进(jin)化(hua)保守(shou)性(xing)、其(qi)在蛋(dan)白质(zhi)序列中(zhong)(zhong)的(de)(de)位置(zhi)及其(qi)上(shang)下(xia)游序列, 以及氨(an)基(ji)酸(suan)(suan)置(zhi)换(huan)导(dao)致(zhi)的(de)(de)生化(hua)结果等. 对(dui)各种计算机算法(fa)中(zhong)(zhong)的(de)(de)一个(ge)(ge)或(huo)几个(ge)(ge)条(tiao)件(jian)进(jin)行(xing)评(ping)测(ce)可以进(jin)一步评(ping)估(gu)(gu)错(cuo)(cuo)(cuo)义改(gai)变(bian)(bian)(bian)带来(lai)的(de)(de)影响. 已(yi)(yi)经(jing)有(you)(you)一些(xie)工(gong)(gong)(gong)作(zuo)在评(ping)估(gu)(gu)预(yu)测(ce)软(ruan)件(jian)的(de)(de)预(yu)测(ce)性(xing)能(neng), 是通(tong)过(guo)对(dui)这些(xie)预(yu)测(ce)软(ruan)件(jian)之间的(de)(de)相(xiang)互比较(jiao)评(ping)估(gu)(gu)他(ta)们预(yu)测(ce)已(yi)(yi)知致(zhi)病(bing)突(tu)变(bian)(bian)(bian)的(de)(de)能(neng)力来(lai)实现的(de)(de). 一般情况下(xia), 多数(shu)算法(fa)预(yu)测(ce)已(yi)(yi)知致(zhi)病(bing)的(de)(de)错(cuo)(cuo)(cuo)义突(tu)变(bian)(bian)(bian)的(de)(de)准确率能(neng)达到(dao)65%~80%. 但是大多数(shu)工(gong)(gong)(gong)具(ju)的(de)(de)特异性(xing)较(jiao)低, 导(dao)致(zhi)有(you)(you)些(xie)错(cuo)(cuo)(cuo)义改(gai)变(bian)(bian)(bian)被过(guo)度预(yu)测(ce)为有(you)(you)害(hai)突(tu)变(bian)(bian)(bian), 而且对(dui)于影响较(jiao)小的(de)(de)错(cuo)(cuo)(cuo)义变(bian)(bian)(bian)异的(de)(de)预(yu)测(ce)也不(bu)可靠. 目前临床(chuang)实验(yan)室常用(yong)(yong)的(de)(de)错(cuo)(cuo)(cuo)义变(bian)(bian)(bian)异解读工(gong)(gong)(gong)具(ju)有(you)(you)PolyPhen 2, SIFT[16]和MutationTaster. 用(yong)(yong)于预(yu)测(ce)错(cuo)(cuo)(cuo)义变(bian)(bian)(bian)异的(de)(de)生物(wu)信息分析(xi)工(gong)(gong)(gong)具(ju)见表(biao)2. 

       目前已开发出(chu)许多用于预测(ce)剪(jian)接的(de)(de)软件, 这是(shi)基于内含子或外显子水平上剪(jian)接位点的(de)(de)丢失或产生原(yuan)理基础上而完成的(de)(de). 一般情况下, 相对(dui)于特(te)异(yi)性(60%~80%),预测(ce)工具(ju)在预测(ce)剪(jian)接位点异(yi)常方面具(ju)有较高(gao)的(de)(de)敏感性(~90%~100%)[19,20]. 一些常用的(de)(de)剪(jian)接位点预测(ce)分(fen)析计算工具(ju)见表2. 

       虽(sui)然(ran)许多不(bu)(bu)同的(de)分(fen)析(xi)(xi)软(ruan)件(jian)(jian)程序(xu)使(shi)用不(bu)(bu)同的(de)算法进行预测(ce)(ce), 但(dan)其基(ji)本原(yuan)理(li)是(shi)相似(si)的(de); 因(yin)(yin)此, 在序(xu)列解读中(zhong), 不(bu)(bu)同软(ruan)件(jian)(jian)工(gong)具组合的(de)预测(ce)(ce)结果(guo)被视为单一证(zheng)据而不(bu)(bu)是(shi)相互独立的(de)证(zheng)据. 因(yin)(yin)为每个软(ruan)件(jian)(jian)工(gong)具基(ji)于他们(men)使(shi)用的(de)算法都各(ge)有(you)优(you)缺点, 所以仍然(ran)建(jian)议(yi)(yi)使(shi)用多种软(ruan)件(jian)(jian)进行序(xu)列变异解读; 很多情(qing)况下, 预测(ce)(ce)性可能因(yin)(yin)为基(ji)因(yin)(yin)和蛋白(bai)质序(xu)列的(de)不(bu)(bu)同而有(you)差异. 无论(lun)如(ru)何, 这些(xie)软(ruan)件(jian)(jian)分(fen)析(xi)(xi)结果(guo)只是(shi)预测(ce)(ce),他们(men)在序(xu)列变异解读中(zhong)的(de)应用应该慎重, 不(bu)(bu)建(jian)议(yi)(yi)仅使(shi)用这些(xie)预测(ce)(ce)结果(guo)作为唯一证(zheng)据来源进行临床判断.

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3. 序列(lie)变(bian)异解读的拟定(ding)标准

       以下(xia)评估变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)证据的方(fang)法是(shi)(shi)用了解释在(zai)临床诊断实(shi)验室中具(ju)有(you)疑(yi)似(si)遗(yi)传(主要指孟德尔遗(yi)传)疾病患者的变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi). 并(bing)不(bu)适(shi)用于解读体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)、药物基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(PGx)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)、或(huo)者是(shi)(shi)多基(ji)(ji)因(yin)(yin)非孟德尔复杂疾病相关的基(ji)(ji)因(yin)(yin)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi). 在(zai)外显子组或(huo)基(ji)(ji)因(yin)(yin)组研究(jiu)中, 对候选基(ji)(ji)因(yin)(yin)(意(yi)(yi)义不(bu)明确的基(ji)(ji)因(yin)(yin)(GUS))应用这些准则时(shi)应当(dang)谨慎(见(jian)下(xia)面注意(yi)(yi)事项), 因(yin)(yin)为本指南目的不(bu)是(shi)(shi)满足鉴(jian)定(ding)新致病基(ji)(ji)因(yin)(yin)的研究(jiu)需求. 

      虽(sui)然(ran)这些方法可用(yong)于评估在健(jian)康个体中发现(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异或(huo)与(yu)测试(shi)指(zhi)征(zheng)不相(xiang)关(guan)(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异, 但是(shi)正如(ru)在指(zhi)南的(de)(de)(de)(de)(de)(de)几个部分中所述, 对(dui)(dui)于与(yu)指(zhi)征(zheng)无关(guan)(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)有较低先验致病(bing)(bing)(bing)(bing)性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异时需(xu)更加谨慎. 尽(jin)管期望本指(zhi)南适用(yong)于变(bian)(bian)(bian)(bian)异分类(lei), 无论其是(shi)通过(guo)分析(xi)(xi)单(dan)基因(yin)、基因(yin)包、外显子组(zu)、基因(yin)组(zu)或(huo)者转录组(zu)而鉴(jian)定(ding)的(de)(de)(de)(de)(de)(de), 重要(yao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)要(yao)关(guan)(guan)注与(yu)疾(ji)(ji)病(bing)(bing)(bing)(bing)有关(guan)(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)致病(bing)(bing)(bing)(bing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异和虽(sui)然(ran)预测为(wei)对(dui)(dui)蛋白(bai)有破坏/损伤但却与(yu)疾(ji)(ji)病(bing)(bing)(bing)(bing)无充分关(guan)(guan)联的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异之(zhi)间(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)区别. 这些规则(ze)旨在确定(ding)在孟德(de)尔遗传(chuan)病(bing)(bing)(bing)(bing)中有明确作用(yong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基因(yin)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异是(shi)否(fou)对(dui)(dui)该遗传(chuan)疾(ji)(ji)病(bing)(bing)(bing)(bing)是(shi)致病(bing)(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de). 针对(dui)(dui)具体的(de)(de)(de)(de)(de)(de)病(bing)(bing)(bing)(bing)人(ren), 致病(bing)(bing)(bing)(bing)性判定(ding)应该独立于对(dui)(dui)疾(ji)(ji)病(bing)(bing)(bing)(bing)病(bing)(bing)(bing)(bing)因(yin)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)解读. 例(li)如(ru), 某变(bian)(bian)(bian)(bian)异在一(yi)个案例(li)中被评估为(wei)“致病(bing)(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)”, 而在另(ling)一(yi)个案例(li)中, 由(you)于不能解释该疾(ji)(ji)病(bing)(bing)(bing)(bing), 就(jiu)对(dui)(dui)这个位(wei)点不给出“致病(bing)(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)”评价(jia), 这样的(de)(de)(de)(de)(de)(de)情(qing)况是(shi)绝对(dui)(dui)不允许的(de)(de)(de)(de)(de)(de). 确定(ding)致病(bing)(bing)(bing)(bing)性需(xu)要(yao)将全部的(de)(de)(de)(de)(de)(de)证据汇(hui)集在一(yi)起, 包括(kuo)所有的(de)(de)(de)(de)(de)(de)案例(li)分析(xi)(xi), 最终得出一(yi)个结论.

       此(ci)指(zhi)南(nan)的(de)(de)(de)分类(lei)方法可能比目前实验室应(ying)用(yong)的(de)(de)(de)标(biao)准(zhun)更(geng)为(wei)严格. 这将导致(zhi)很(hen)(hen)大(da)一部分的(de)(de)(de)变异(yi)被归类(lei)为(wei)“意义不明确的(de)(de)(de)”. 希望这种方法可以大(da)量减(jian)少那些(xie)没有足够分类(lei)证据(ju)支持而报告(gao)(gao)为(wei)致(zhi)病原因的(de)(de)(de)变异(yi). 需(xu)要(yao)注意的(de)(de)(de)是, 当(dang)临(lin)床实验室报告(gao)(gao)一个变异(yi)为(wei)“致(zhi)病的(de)(de)(de)”时, 医疗(liao)单位很(hen)(hen)可能把其(qi)当(dang)作“可指(zhi)导临(lin)床作为(wei)的(de)(de)(de)(actionable)”, 基(ji)于(yu)这个判断, 从而会改(gai)变对(dui)患者的(de)(de)(de)治疗(liao)、监测, 或(huo)去除对(dui)基(ji)因型为(wei)阴性的(de)(de)(de)家庭成员(yuan)的(de)(de)(de)治疗(liao)、监测(参见下面的(de)(de)(de)医务(wu)工(gong)作者应(ying)该如(ru)何(he)使用(yong)这些(xie)指(zhi)南(nan)和建议).

       本指(zhi)南提(ti)供了(le)两套标(biao)(biao)准(zhun): 一(yi)(yi)(yi)是(shi)(shi)用(yong)(yong)于(yu)(yu)(yu)(yu)对致病(bing)或(huo)(huo)可(ke)能(neng)致病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)进行(xing)(xing)(xing)分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)(表(biao)(biao)3), 另(ling)一(yi)(yi)(yi)是(shi)(shi)用(yong)(yong)于(yu)(yu)(yu)(yu)对良性(xing)(xing)或(huo)(huo)可(ke)能(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)进行(xing)(xing)(xing)分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)(表(biao)(biao)4). 致病(bing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)标(biao)(biao)准(zhun)可(ke)分(fen)(fen)(fen)(fen)为非(fei)常强(qiang)(verystrong, PVS1), 强(qiang)(strong, PS1~4); 中(zhong)(zhong)等(deng)(moderate, PM1~6), 或(huo)(huo)辅(fu)助证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(supporting, PP1~5).良性(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)可(ke)分(fen)(fen)(fen)(fen)为独(du)立(stand-alone, BA1), 强(qiang)(strong, BS1~4), 或(huo)(huo)辅(fu)助证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(BP1~6). 其中(zhong)(zhong), 数(shu)(shu)(shu)(shu)字只是(shi)(shi)作为有(you)(you)(you)助于(yu)(yu)(yu)(yu)参(can)考的(de)(de)(de)(de)(de)分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)标(biao)(biao)注(zhu), 不(bu)具(ju)有(you)(you)(you)任何意义. 每个类(lei)(lei)(lei)别中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)数(shu)(shu)(shu)(shu)字不(bu)表(biao)(biao)示分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)的(de)(de)(de)(de)(de)任何差异(yi)(yi)(yi), 仅(jin)用(yong)(yong)来标(biao)(biao)记以(yi)(yi)帮助指(zhi)代(dai)不(bu)同的(de)(de)(de)(de)(de)规(gui)则(ze). 对于(yu)(yu)(yu)(yu)一(yi)(yi)(yi)个给定的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi), 用(yong)(yong)户基于(yu)(yu)(yu)(yu)观察到(dao)(dao)的(de)(de)(de)(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)来选(xuan)(xuan)择标(biao)(biao)准(zhun). 根据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)表(biao)(biao)5的(de)(de)(de)(de)(de)评(ping)分(fen)(fen)(fen)(fen)规(gui)则(ze)把标(biao)(biao)准(zhun)组合(he)起来进而从5级系(xi)统中(zhong)(zhong)选(xuan)(xuan)择一(yi)(yi)(yi)个分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei). 这些规(gui)则(ze)适用(yong)(yong)于(yu)(yu)(yu)(yu)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)上的(de)(de)(de)(de)(de)所(suo)有(you)(you)(you)可(ke)用(yong)(yong)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju), 无(wu)论是(shi)(shi)基于(yu)(yu)(yu)(yu)调(diao)查现有(you)(you)(you)案例(li)获得的(de)(de)(de)(de)(de)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju), 还(hai)是(shi)(shi)来源于(yu)(yu)(yu)(yu)先前(qian)公布(bu)的(de)(de)(de)(de)(de)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju). 未发表(biao)(biao)的(de)(de)(de)(de)(de)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)也可(ke)以(yi)(yi)通过(guo)公共(gong)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(如ClinVar或(huo)(huo)位(wei)点特异(yi)(yi)(yi)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库)和实(shi)验室(shi)自有(you)(you)(you)数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库获得. 为了(le)对变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)具(ju)有(you)(you)(you)较好灵活性(xing)(xing), 基于(yu)(yu)(yu)(yu)收集的(de)(de)(de)(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)和专业判(pan)(pan)断, 可(ke)以(yi)(yi)把某些依据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)用(yong)(yong)到(dao)(dao)不(bu)同的(de)(de)(de)(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)水平(ping)上去. 例(li)如, 如果(guo)一(yi)(yi)(yi)个变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)多次和已知致病(bing)性(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)处(chu)于(yu)(yu)(yu)(yu)反式(shi)位(wei)置(位(wei)于(yu)(yu)(yu)(yu)另(ling)一(yi)(yi)(yi)染(ran)色体上), PM3可(ke)以(yi)(yi)上调(diao)到(dao)(dao)强(qiang)(进一(yi)(yi)(yi)步指(zhi)导见PM3 BP2顺/反式(shi)检测(ce)). 相反, 在数(shu)(shu)(shu)(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)并不(bu)像描述的(de)(de)(de)(de)(de)那么强(qiang)的(de)(de)(de)(de)(de)情况下(xia), 可(ke)以(yi)(yi)改判(pan)(pan)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)到(dao)(dao)一(yi)(yi)(yi)个较低(di)的(de)(de)(de)(de)(de)水平(ping)(见表(biao)(biao)3注(zhu)2 PS4). 如果(guo)一(yi)(yi)(yi)个变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)不(bu)符合(he)分(fen)(fen)(fen)(fen)类(lei)(lei)(lei)标(biao)(biao)准(zhun)(致病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)或(huo)(huo)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)), 或(huo)(huo)良性(xing)(xing)和致病(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)是(shi)(shi)相互矛盾(dun)的(de)(de)(de)(de)(de), 则(ze)默认该(gai)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)为“意义不(bu)确定的(de)(de)(de)(de)(de)”. 程度判(pan)(pan)断评(ping)价标(biao)(biao)准(zhun)如表(biao)(biao)6所(suo)示. 请注(zhu)意, 当考虑(lv)所(suo)有(you)(you)(you)依据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)以(yi)(yi)解(jie)读变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)强(qiang)度的(de)(de)(de)(de)(de)差异(yi)(yi)(yi)时, 需专家(jia)介入(ru)进行(xing)(xing)(xing)判(pan)(pan)断. 

       下面更(geng)详细的(de)(de)变异分类(lei)标准(zhun)(表(biao)3和(he)(he)4)中提及 了某些概念的(de)(de)解释, 并(bing)提供实(shi)(shi)际使用中的(de)(de)实(shi)(shi)例(li)和(he)(he)/或(huo)误区或(huo)易犯错误的(de)(de)地(di)方. 这部(bu)分应该与表(biao)3及4一同阅读(du).

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3.1  PVS1极强致病性变异

       某些特(te)定类(lei)型的变异(如无(wu)义突(tu)变、移码(ma)突(tu)变、经(jing)典剪接位点(dian)±1或2点(dian)突(tu)变、起(qi)始密码(ma)子变异、单个或多个外显子缺失)被(bei)认为因无(wu)转录产物或由无(wu)义突(tu)变引起(qi)的转录子降解, 导致基因产物完(wan)全缺失而破坏基因功能. 当将这类(lei)变异归类(lei)为致病性时(shi), 从业人员需谨慎考虑以(yi)下(xia)原则(ze):

       (i) 当(dang)将该类变(bian)(bian)(bian)异归(gui)类为(wei)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)性(xing)时(shi), 需确认无功能变(bian)(bian)(bian)异(null variants)是(shi)已知的(de)(de)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)机理, 且与该疾病(bing)的(de)(de)遗传(chuan)模(mo)式相(xiang)一致(zhi)(zhi)(zhi). 例如, 有(you)些基因(yin)(yin)(如许多肥厚性(xing)心肌(ji)病(bing)基因(yin)(yin))只有(you)杂(za)(za)(za)合(he)错义(yi)突(tu)(tu)变(bian)(bian)(bian)时(shi)才致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing), 而杂(za)(za)(za)合(he)无功能变(bian)(bian)(bian)异却是(shi)良(liang)性(xing)的(de)(de). 仅基于这(zhei)一项(xiang)证据来看, 对显性(xing)肥厚性(xing)心肌(ji)病(bing)来说, MYH7基因(yin)(yin)上(shang)出现一个新的(de)(de)杂(za)(za)(za)合(he)无义(yi)突(tu)(tu)变(bian)(bian)(bian)不(bu)一定是(shi)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)的(de)(de), 而CFTR基因(yin)(yin)上(shang)出现一个新的(de)(de)杂(za)(za)(za)合(he)无义(yi)突(tu)(tu)变(bian)(bian)(bian)则有(you)可(ke)能是(shi)一个隐性(xing)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)(bian)(bian)异.

       (ii) 当文献中将3′远(yuan)端下游(you)截短变(bian)(bian)异注释成(cheng)致病(bing)突(tu)变(bian)(bian)时(shi), 要特(te)别小心(xin). 特(te)别是当所预测(ce)的(de)终止密码子(zi)出(chu)现(xian)(xian)在最(zui)后一个(ge)(ge)外显子(zi), 或者出(chu)现(xian)(xian)在倒数第二个(ge)(ge)外显子(zi)的(de)最(zui)后50个(ge)(ge)碱基(ji)对时(shi), 这种无义突(tu)变(bian)(bian)介(jie)导的(de)转录降解(jie)可(ke)能(neng)不(bu)会发生(sheng), 这个(ge)(ge)蛋(dan)白很可(ke)能(neng)会表达. 据此所预测(ce)的(de)截短蛋(dan)白的(de)长度(du)也(ye)是致病(bing)性评(ping)估的(de)因素, 但(dan)这些(xie)变(bian)(bian)异未经功(gong)能(neng)分析是无法进行判定的(de).

       (iii) 就(jiu)剪(jian)接位(wei)(wei)点(dian)(dian)变异而言(yan), 因(yin)外(wai)(wai)显子(zi)剪(jian)切位(wei)(wei)点(dian)(dian)的供体(ti)/受体(ti)位(wei)(wei)点(dian)(dian)改(gai)变或(huo)产(chan)生了新(xin)的剪(jian)切位(wei)(wei)点(dian)(dian), 从而可能(neng)(neng)导致(zhi)外(wai)(wai)显子(zi)丢失、缩(suo)短, 也可能(neng)(neng)会使内含子(zi)序列变成(cheng)外(wai)(wai)显子(zi)部分. 虽然剪(jian)切位(wei)(wei)点(dian)(dian)变异可能(neng)(neng)被预(yu)测(ce)为无(wu)功(gong)(gong)能(neng)(neng)变异, 然而该变异类型造(zao)成(cheng)的影响需要通过RNA或(huo)蛋白(bai)质(zhi)功(gong)(gong)能(neng)(neng)分析确认(ren). 还必须考虑可读(du)框内缺失/插入(ru)的可能(neng)(neng)性,其(qi)长度变化较小(PM4), 可以保留蛋白(bai)质(zhi)的关(guan)键(jian)结构域, 因(yin)此导致(zhi)轻微(wei)或(huo)中性效应, 或(huo)功(gong)(gong)能(neng)(neng)获(huo)得效应. 

       (iv) 基(ji)因会(hui)有(you)不同(tong)的转录本(ben), 哪一(yi)种转录本(ben)与生物学功能相关, 在(zai)哪些组织会(hui)表达哪些转录本(ben), 这些都(dou)是需要进行重点(dian)考虑(lv)的. 如(ru)果一(yi)个截短变异只(zhi)限于一(yi)个或并非所有(you)转录本(ben), 则必(bi)须谨(jin)慎考虑(lv)到可能存在(zai)其(qi)他同(tong)功型蛋白(bai)质, 防止过(guo)度解释. 

       (v) 如(ru)果(guo)发现一个无(wu)功能变异(yi)位于(yu)某个外显子(zi)上, 而该(gai)外显子(zi)先前无(wu)致(zhi)病(bing)变异(yi)报道, 那么该(gai)外显子(zi)可能被选择(ze)性(xing)剪切(qie)了, 此时需要谨慎考虑该(gai)变异(yi)的致(zhi)病(bing)性(xing). 当预测的截短变异(yi)是偶然发现时(与(yu)检测指征(zheng)无(wu)关)则(ze)应特别小心, 在这种情况下该(gai)位点致(zhi)病(bing)的可能性(xing)非常低(di).

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3.2  PS1突变为(wei)同一氨基酸(suan)

       多数情(qing)况下(xia), 尤其(qi)是(shi)(shi)当致病机(ji)制是(shi)(shi)蛋白(bai)质功能发生(sheng)改(gai)变(bian)时, 如已确定某一错义变(bian)异(yi)是(shi)(shi)致病变(bian)异(yi), 应考虑(lv)到(dao)与其(qi)位于同一变(bian)异(yi)位点的(de)不同形式的(de)碱基(ji)(ji)改(gai)变(bian)也可能产生(sheng)相同的(de)错义突变(bian)结果——氨(an)基(ji)(ji)酸改(gai)变(bian)相同(如c.34G>C(p.Val12Leu)和c.34G>T(p. Val12 Leu)), 那(nei)么(me), 这些变(bian)异(yi)也应是(shi)(shi)致病突变(bian). 此(ci)外, 还(hai)应考虑(lv)到(dao), 变(bian)异(yi)可能不是(shi)(shi)通(tong)过(guo)改(gai)变(bian)氨(an)基(ji)(ji)酸的(de)水平, 而是(shi)(shi)通(tong)过(guo)改(gai)变(bian)DNA的(de)序(xu)列(lie)来发挥(hui)作用,例如, 破坏剪接位点(可通(tong)过(guo)软(ruan)件分析确定), 在这种情(qing)况下(xia), 上述的(de)假(jia)设是(shi)(shi)不成立(li)的(de). 

3.3  PS2 PM6新发变(bian)异

       当将(jiang)一(yi)个新发(fa)(fa)变(bian)异(父(fu)母样(yang)本检(jian)测结(jie)果阴性)归类为强的(de)(de)(de)致病(bing)(bing)证(zheng)(zheng)据时(shi), 需要满足(zu)以下(xia)条件: (i) 身(shen)(shen)份(fen)检(jian)验表(biao)(biao)明患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)父(fu)母是(shi)(shi)其生物学父(fu)母. 注意如果父(fu)母的(de)(de)(de)身(shen)(shen)份(fen)是(shi)(shi)假定的(de)(de)(de)而没有被证(zheng)(zheng)实(shi), 则判定为PM6; (ii) 患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)家族史符合(he)新发(fa)(fa)变(bian)异特(te)征. 例(li)如, 显(xian)性遗传病(bing)(bing)患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)父(fu)母均(jun)未(wei)患(huan)(huan)(huan)病(bing)(bing). 在存(cun)在生殖细胞嵌合(he)现象时(shi)也(ye)可能有1个以上(shang)同胞患(huan)(huan)(huan)病(bing)(bing); (iii) 患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)表(biao)(biao)型与变(bian)异基因(yin)异常引起的(de)(de)(de)表(biao)(biao)型相吻合(he). 例(li)如, 患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)具有特(te)殊面容(rong)、多毛和上(shang)肢缺陷(即Cornelia de Lange综合(he)征), 检(jian)测到NIPBL基因(yin)的(de)(de)(de)新生突变(bian)即为强致病(bing)(bing)证(zheng)(zheng)据, 而患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)仅表(biao)(biao)现为非(fei)特(te)异性的(de)(de)(de)发(fa)(fa)育迟(chi)缓, 通过(guo)外显(xian)子组测序发(fa)(fa)现的(de)(de)(de)该(gai)基因(yin)的(de)(de)(de)新发(fa)(fa)变(bian)异, 则判断此(ci)变(bian)异致病(bing)(bing)性的(de)(de)(de)证(zheng)(zheng)据较弱. 

3.4  PS3 BS3功(gong)能研究

       功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)研究(jiu)是一(yi)(yi)种(zhong)研究(jiu)变(bian)异(yi)(yi)致病性(xing)(xing)的(de)(de)(de)非(fei)(fei)常(chang)强(qiang)大的(de)(de)(de)工(gong)具, 然而并(bing)非(fei)(fei)所(suo)有的(de)(de)(de)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)研究(jiu)都能(neng)(neng)(neng)有效地预(yu)测基因或(huo)(huo)(huo)(huo)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)的(de)(de)(de)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng). 例如, 一(yi)(yi)些(xie)酶(mei)学(xue)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)利用(yong)成熟完善的(de)(de)(de)方(fang)法(fa)(fa)可(ke)(ke)以(yi)用(yong)来(lai)评(ping)(ping)估错义(yi)变(bian)异(yi)(yi)在(zai)代谢途径中对(dui)(dui)酶(mei)活(huo)性(xing)(xing)的(de)(de)(de)影响(xiang)(如α-半乳糖苷酶(mei)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)); 而另一(yi)(yi)方(fang)面, 某些(xie)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)在(zai)评(ping)(ping)估变(bian)异(yi)(yi)对(dui)(dui)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)质功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)影响(xiang)时(shi)缺乏一(yi)(yi)致性(xing)(xing). 评(ping)(ping)估一(yi)(yi)个功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)检(jian)测方(fang)法(fa)(fa)是否(fou)有效时(shi), 必须考虑该(gai)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)在(zai)多大程度(du)上反(fan)(fan)映(ying)了其发(fa)挥功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)的(de)(de)(de)生(sheng)物(wu)环境(jing). 例如, 与体外表达蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)相比, 直(zhi)(zhi)接(jie)(jie)在(zai)患者或(huo)(huo)(huo)(huo)动(dong)物(wu)模(mo)型的(de)(de)(de)活(huo)检(jian)组(zu)织中进行(xing)酶(mei)的(de)(de)(de)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)更有说服力. 同样, 可(ke)(ke)以(yi)反(fan)(fan)映(ying)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)质全部生(sheng)物(wu)学(xue)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)(如酶(mei)分解(jie)(jie)底(di)物(wu)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng))的(de)(de)(de)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)则比仅反(fan)(fan)映(ying)一(yi)(yi)部分功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)(如一(yi)(yi)种(zhong)有附(fu)带结合能(neng)(neng)(neng)力的(de)(de)(de)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)水解(jie)(jie)ATP的(de)(de)(de)功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng))的(de)(de)(de)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)证据性(xing)(xing)更强(qiang). 功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)的(de)(de)(de)有效性(xing)(xing)、重复性(xing)(xing)和稳(wen)定(ding)性(xing)(xing)应重点考虑, 这些(xie)参数用(yong)来(lai)评(ping)(ping)估功(gong)(gong)能(neng)(neng)(neng)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)的(de)(de)(de)分析性(xing)(xing)能(neng)(neng)(neng)以(yi)及(ji)判定(ding)样本(ben)诊断信息的(de)(de)(de)完整性(xing)(xing), 该(gai)完整性(xing)(xing)容易受标本(ben)采集的(de)(de)(de)方(fang)法(fa)(fa)及(ji)时(shi)间、存(cun)储及(ji)运输的(de)(de)(de)影响(xiang). CLIA(临床实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)室改进修正案(an))认证实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)室建立的(de)(de)(de)检(jian)测方(fang)法(fa)(fa)或(huo)(huo)(huo)(huo)商品化试剂盒可(ke)(ke)减少这些(xie)因素对(dui)(dui)实(shi)(shi)(shi)(shi)验(yan)(yan)的(de)(de)(de)影响(xiang). 评(ping)(ping)估变(bian)异(yi)(yi)在(zai)剪接(jie)(jie)位点、编码序列、非(fei)(fei)翻译区以(yi)及(ji)更深的(de)(de)(de)内含(han)子区域的(de)(de)(de)影响(xiang)时(shi), 对(dui)(dui)变(bian)异(yi)(yi)在(zai)信使RNA水平(如信使RNA的(de)(de)(de)稳(wen)定(ding)性(xing)(xing)、加工(gong)或(huo)(huo)(huo)(huo)翻译)进行(xing)评(ping)(ping)估, 可(ke)(ke)以(yi)提供丰(feng)富的(de)(de)(de)信息. 相关的(de)(de)(de)技(ji)术方(fang)法(fa)(fa)包(bao)括(kuo)对(dui)(dui)RNA和/或(huo)(huo)(huo)(huo)互补DNA衍生(sheng)物(wu)进行(xing)直(zhi)(zhi)接(jie)(jie)分析, 以(yi)及(ji)体外微小基因剪接(jie)(jie)分析. 

3.5 PS4 PM2 BA1 BS1 BS2变异频率及对照人(ren)群(qun)的使用

       通(tong)(tong)过(guo)(guo)搜(sou)索公共人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)(如(ru)千人(ren)(ren)(ren)基(ji)因组(zu)(zu)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku), NHLBI外(wai)显(xian)子(zi)测(ce)序(xu)(xu)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku), EXAC数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku); 表(biao)1), 并(bing)利用已发表(biao)文(wen)献中(zhong)(zhong)相同(tong)种(zhong)族(zu)的(de)(de)对(dui)(dui)照(zhao)(zhao)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)进行基(ji)因变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)频(pin)(pin)(pin)率分析(译者注(zhu): 此(ci)(ci)条款在(zai)(zai)(zai)(zai)指南更(geng)(geng)新时会有修改),通(tong)(tong)过(guo)(guo)分析变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)基(ji)因在(zai)(zai)(zai)(zai)对(dui)(dui)照(zhao)(zhao)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)或(huo)(huo)(huo)普通(tong)(tong)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)中(zhong)(zhong)的(de)(de)携带(dai)频(pin)(pin)(pin)率, 有助于评(ping)估(gu)该(gai)(gai)(gai)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)潜在(zai)(zai)(zai)(zai)致病(bing)(bing)性(xing)(xing)(xing)(xing). NHLBI外(wai)显(xian)子(zi)测(ce)序(xu)(xu)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)来源于白(bai)种(zhong)人(ren)(ren)(ren)和非裔美国人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun), 根据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)其(qi)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)覆(fu)盖量能够(gou)识别是(shi)否(fou)存在(zai)(zai)(zai)(zai)基(ji)因变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi). 尽管千人(ren)(ren)(ren)基(ji)因组(zu)(zu)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)缺乏(fa)评(ping)估(gu)基(ji)因变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)能力, 但它囊括了(le)更(geng)(geng)多的(de)(de)种(zhong)族(zu)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun), 因此(ci)(ci)其(qi)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)具有更(geng)(geng)广泛代表(biao)性(xing)(xing)(xing)(xing)的(de)(de). EXAC数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)近期发布了(le)一(yi)(yi)组(zu)(zu)来源于不(bu)同(tong)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)的(de)(de)6万多个外(wai)显(xian)子(zi)组(zu)(zu)的(de)(de)等(deng)位基(ji)因频(pin)(pin)(pin)率数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju), 包括了(le)大(da)(da)约三(san)分之(zhi)二的(de)(de)NHLBI外(wai)显(xian)子(zi)测(ce)序(xu)(xu)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju). 一(yi)(yi)般(ban)情况下,某一(yi)(yi)等(deng)位基(ji)因在(zai)(zai)(zai)(zai)对(dui)(dui)照(zhao)(zhao)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)的(de)(de)频(pin)(pin)(pin)率大(da)(da)于疾(ji)病(bing)(bing)预期人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)(表(biao)7)时, 可认(ren)(ren)为(wei)(wei)是(shi)罕(han)见孟德(de)尔疾(ji)病(bing)(bing)良(liang)性(xing)(xing)(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)强(qiang)证据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(BS1), 如(ru)果频(pin)(pin)(pin)率超过(guo)(guo)5%时, 则可认(ren)(ren)为(wei)(wei)是(shi)良(liang)性(xing)(xing)(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)独(du)立证据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(BA1).此(ci)(ci)外(wai), 如(ru)果疾(ji)病(bing)(bing)发生在(zai)(zai)(zai)(zai)早期, 且变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)在(zai)(zai)(zai)(zai)健康成人(ren)(ren)(ren)中(zhong)(zhong)以隐性(xing)(xing)(xing)(xing)(纯合(he)子(zi))、显(xian)性(xing)(xing)(xing)(xing)(杂合(he)子(zi))或(huo)(huo)(huo)X-连锁(半合(he)子(zi))的(de)(de)状态存在(zai)(zai)(zai)(zai), 那么这就是(shi)良(liang)性(xing)(xing)(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)强(qiang)证据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(BS2). 如(ru)果数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)中(zhong)(zhong)未(wei)能检出变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)存在(zai)(zai)(zai)(zai), 应该(gai)(gai)(gai)确认(ren)(ren)建立该(gai)(gai)(gai)数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)库(ku)(ku)采用的(de)(de)测(ce)序(xu)(xu)读长深度是(shi)否(fou)足以检测(ce)出该(gai)(gai)(gai)位点(dian)上(shang)的(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi). 如(ru)果在(zai)(zai)(zai)(zai)一(yi)(yi)个大(da)(da)样本(ben)的(de)(de)普通(tong)(tong)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)或(huo)(huo)(huo)队列数(shu)据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)的(de)(de)对(dui)(dui)照(zhao)(zhao)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)(>1000人(ren)(ren)(ren))中(zhong)(zhong)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)不(bu)存在(zai)(zai)(zai)(zai)(或(huo)(huo)(huo)隐性(xing)(xing)(xing)(xing)遗传的(de)(de)突(tu)变(bian)(bian)频(pin)(pin)(pin)率是(shi)低频(pin)(pin)(pin)), 并(bing)且携带(dai)此(ci)(ci)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)患者与对(dui)(dui)照(zhao)(zhao)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)为(wei)(wei)同(tong)一(yi)(yi)种(zhong)族(zu), 那么可以认(ren)(ren)为(wei)(wei)该(gai)(gai)(gai)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)是(shi)致病(bing)(bing)性(xing)(xing)(xing)(xing)的(de)(de)中(zhong)(zhong)等(deng)证据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(PM2). 许多良(liang)性(xing)(xing)(xing)(xing)变(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)是(shi)“个体化的(de)(de)”(即(ji)个人(ren)(ren)(ren)或(huo)(huo)(huo)家系独(du)有的(de)(de)), 因此(ci)(ci)即(ji)使在(zai)(zai)(zai)(zai)相同(tong)种(zhong)族(zu)的(de)(de)人(ren)(ren)(ren)群(qun)(qun)(qun)中(zhong)(zhong)缺乏(fa)也不(bu)能作为(wei)(wei)致病(bing)(bing)性(xing)(xing)(xing)(xing)的(de)(de)充足甚至强(qiang)的(de)(de)证据(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju)(ju). 

       当(dang)孟德尔遗传病(bing)表(biao)型显(xian)著、频率(lv)(lv)差异大且是早期发病(bing)时, 使用通(tong)(tong)过(guo)“病(bing)例(li)-对照”人群研究获得的(de)(de)变(bian)异数据库进行变(bian)异分析(xi)是最(zui)有效(xiao)的(de)(de). 临(lin)(lin)床(chuang)实验室检测(ce)的(de)(de)患者可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)包括“排除”某一疾(ji)病(bing)的(de)(de)个体(ti), 因此(ci)他(ta)们可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)不能(neng)(neng)(neng)作为表(biao)型显(xian)著的(de)(de)病(bing)例(li); 当(dang)使用普(pu)通(tong)(tong)人群作为对照群体(ti)时, 具有亚临(lin)(lin)床(chuang)疾(ji)病(bing)的(de)(de)个体(ti)总是可(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)存在的(de)(de). 在这两种情况下(xia), 认为检测(ce)出的(de)(de)变(bian)异致(zhi)病(bing)性(xing)证(zheng)据不充分. 变(bian)异频率(lv)(lv)有统计学显(xian)著差异可(ke)(ke)(ke)以假定为致(zhi)病(bing)性(xing)的(de)(de)支持证(zheng)据. 与此(ci)相反, 对于(yu)统计差异不 显(xian)著, 特别(bie)是极为罕见变(bian)异和不明显(xian)的(de)(de)表(biao)型, 应(ying)谨(jin)慎解释. 

       比值(zhi)比(OR)或相(xiang)对(dui)风险(xian)(xian)(xian)用于衡量基因型(即(ji)存在(zai)于基因组中(zhong)的(de)(de)变异(yi)(yi))和表型(即(ji)所患疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)/结(jie)果)之间的(de)(de)关联(lian), 适用于任何孟(meng)德尔疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)或复杂疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing). 本(ben)指南(nan)只涉(she)及(ji)其在(zai)孟(meng)德尔疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)中(zhong)的(de)(de)使(shi)用. 相(xiang)对(dui)风险(xian)(xian)(xian)与(yu)OR不(bu)同, 但概率(lv)较小时相(xiang)对(dui)风险(xian)(xian)(xian)近(jin)似等(deng)于OR.OR值(zhi)为(wei)(wei)(wei)1.0意(yi)味着(zhe)(zhe)该变异(yi)(yi)与(yu)疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)风险(xian)(xian)(xian)不(bu)相(xiang)关, 大于1.0意(yi)味着(zhe)(zhe)变异(yi)(yi)与(yu)疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)风险(xian)(xian)(xian)正(zheng)相(xiang)关, 小于1.0意(yi)味着(zhe)(zhe)变异(yi)(yi)与(yu)疾(ji)(ji)(ji)病(bing)(bing)风险(xian)(xian)(xian)负相(xiang)关. 一般情况下, 具有孟(meng)德尔中(zhong)等(deng)效应(ying)的(de)(de)变异(yi)(yi), 其OR值(zhi)为(wei)(wei)(wei)3或者更大, 高(gao)度外(wai)显的(de)(de)变异(yi)(yi)具有非(fei)常(chang)高(gao)的(de)(de)OR值(zhi), 例如(ru)(ru), APOE基因E4/E4纯合子(zi)与(yu)E3/E3纯合子(zi)相(xiang)比, OR值(zhi)为(wei)(wei)(wei)13(http://www.tgen.org/home/education-outreach/past-summer-interns/2012-summer-interns/erika-kollitz.aspx#.VOSi3C7G_vY).OR值(zhi)的(de)(de)置信(xin)区间(confidence interval, CI)也是一个(ge)重要(yao)的(de)(de)衡量工(gong)具. 如(ru)(ru)果CI中(zhong)包括1.0(如(ru)(ru)OR=2.5, CI= 0.9~7.4), 则(ze)关联(lian)的(de)(de)可信(xin)度很小. 在(zai)上面APOE的(de)(de)例子(zi)中(zhong), CI为(wei)(wei)(wei)10~16. 在(zai)线可获得简单的(de)(de)OR值(zhi)计算器(http://www.hutchon.net/ConfidOR.htm/;http://easy ca- lculateon.com/statistics/odds-ratio.php/).

7.jpg

3.6  PM1热点突变(bian)和/或关键的(de)、得到确(que)认的(de)功能域

       某些蛋(dan)白结构(gou)(gou)域(yu)对蛋(dan)白质的(de)(de)(de)功(gong)能起到了关键作用, 如果在这(zhei)(zhei)(zhei)(zhei)些结构(gou)(gou)域(yu)上发现(xian)的(de)(de)(de)所有(you)错(cuo)义突(tu)(tu)变(bian)均已(yi)(yi)被(bei)(bei)证(zheng)实为(wei)(wei)致(zhi)(zhi)病突(tu)(tu)变(bian), 且(qie)这(zhei)(zhei)(zhei)(zhei)些结构(gou)(gou)域(yu)中(zhong)一定没(mei)有(you)已(yi)(yi)知的(de)(de)(de)良性突(tu)(tu)变(bian), 那么这(zhei)(zhei)(zhei)(zhei)就(jiu)能作为(wei)(wei)致(zhi)(zhi)病的(de)(de)(de)中(zhong)等证(zheng)据. 此外, 基(ji)因中(zhong)某些功(gong)能尚未确定的(de)(de)(de)区(qu)域(yu)已(yi)(yi)被(bei)(bei)证(zheng)实存(cun)在许多(duo)(duo)突(tu)(tu)变(bian)热点(dian)(dian), 若突(tu)(tu)变(bian)发生在基(ji)因突(tu)(tu)变(bian)热点(dian)(dian)上, 且(qie)一个或多(duo)(duo)个邻近(jin)残基(ji)中(zhong)存(cun)在较高频(pin)率的(de)(de)(de)已(yi)(yi)知致(zhi)(zhi)病突(tu)(tu)变(bian), 那么这(zhei)(zhei)(zhei)(zhei)也能作为(wei)(wei)致(zhi)(zhi)病的(de)(de)(de)中(zhong)等证(zheng)据.

3.7  PM3 BP2顺式/反式检(jian)测

       检测双亲样本以(yi)(yi)确(que)定变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)在(zai)基因(yin)上以(yi)(yi)顺(shun)式(shi)(shi)(shi)(in cis)(位于基因(yin)的同(tong)一(yi)拷贝)或是反式(shi)(shi)(shi)(in trans)(位于基因(yin)的不同(tong)拷贝)方(fang)式(shi)(shi)(shi)排列(lie), 这(zhei)(zhei)对评估变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)的致(zhi)病(bing)(bing)(bing)性(xing)(xing)非常重要. 例(li)如(ru), 当两(liang)个(ge)杂(za)合(he)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)发(fa)生在(zai)隐性(xing)(xing)遗传病(bing)(bing)(bing)的致(zhi)病(bing)(bing)(bing)基因(yin)上时(shi), 如(ru)果已知其(qi)中(zhong)一(yi)个(ge)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)为(wei)(wei)(wei)致(zhi)病(bing)(bing)(bing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi), 那(nei)么(me)当另一(yi)个(ge)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)与其(qi)呈(cheng)反式(shi)(shi)(shi)排列(lie)时(shi), 这(zhei)(zhei)可以(yi)(yi)作(zuo)为(wei)(wei)(wei)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)的中(zhong)等致(zhi)病(bing)(bing)(bing)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(PM3). 另外, 若(ruo)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)与多个(ge)已知致(zhi)病(bing)(bing)(bing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)均呈(cheng)反式(shi)(shi)(shi)排列(lie), 则该(gai)证(zheng)据(ju)(ju)(ju)可升级为(wei)(wei)(wei)强致(zhi)病(bing)(bing)(bing)证(zheng)据(ju)(ju)(ju). 但(dan)(dan)是, 若(ruo)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)在(zai)普通(tong)人群中(zhong)存(cun)在(zai),则需(xu)要用统计学方(fang)法判(pan)断(duan)该(gai)现象(xiang)是否为(wei)(wei)(wei)随机共(gong)发(fa)生事件. 相(xiang)反, 当已知致(zhi)病(bing)(bing)(bing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)与另一(yi)个(ge)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)呈(cheng)顺(shun)式(shi)(shi)(shi)排列(lie)时(shi), 这(zhei)(zhei)可以(yi)(yi)作(zuo)为(wei)(wei)(wei)待(dai)分(fen)类变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)的良(liang)性(xing)(xing)支持证(zheng)据(ju)(ju)(ju)(BP2). 如(ru)果发(fa)生在(zai)隐性(xing)(xing)遗传病(bing)(bing)(bing)致(zhi)病(bing)(bing)(bing)基因(yin)上的两(liang)个(ge)杂(za)合(he)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)的致(zhi)病(bing)(bing)(bing)性(xing)(xing)均未知, 那(nei)么(me)确(que)定它们以(yi)(yi)顺(shun)式(shi)(shi)(shi)或是反式(shi)(shi)(shi)排列(lie), 并不能为(wei)(wei)(wei)判(pan)断(duan)其(qi)中(zhong)任一(yi)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)的致(zhi)病(bing)(bing)(bing)性(xing)(xing)提供更(geng)多信息. 但(dan)(dan)是, 如(ru)果两(liang)者以(yi)(yi)顺(shun)式(shi)(shi)(shi)排列(lie), 则该(gai)基因(yin)两(liang)个(ge)拷贝均受影响的可能性(xing)(xing)将会降低. 

       对于(yu)显性遗传病(bing)(bing)而言, 若(ruo)待分(fen)类变(bian)异与(yu)致病(bing)(bing)变(bian)异呈反式排列, 则(ze)可(ke)作为该变(bian)异的良性支持证据(BP2); 对于(yu)特定研(yan)究(jiu)成熟(shu)的疾病(bing)(bing)模型, 甚至可(ke)以考虑将其作为独立良性证据(如CFTR相关(guan)变(bian)异的评估(gu)). 

3.8  PM4 BP3由于框内缺失/插(cha)入(ru)和终止(zhi)密码子丧失导(dao)致的(de)蛋(dan)白(bai)长度改变

       相较(jiao)于单一的(de)(de)(de)错(cuo)义突变(bian)所导致(zhi)的(de)(de)(de)蛋白(bai)质(zhi)长度变(bian)化(hua)(hua), 一个或(huo)多个氨基酸的(de)(de)(de)缺(que)(que)失(shi)(shi)(shi)或(huo)插入、以及由终止密(mi)(mi)码(ma)(ma)子变(bian)为翻译(yi)氨基酸的(de)(de)(de)密(mi)(mi)码(ma)(ma)子(如终止密(mi)(mi)码(ma)(ma)子丢(diu)失(shi)(shi)(shi))而导致(zhi)的(de)(de)(de)蛋白(bai)质(zhi)延(yan)长更可(ke)能破坏蛋白(bai)质(zhi)功(gong)能. 因(yin)此, 框内缺(que)(que)失(shi)(shi)(shi)/插入以及终止密(mi)(mi)码(ma)(ma)子丢(diu)失(shi)(shi)(shi)可(ke)作为中(zhong)等(deng)致(zhi)病证据. 缺(que)(que)失(shi)(shi)(shi)、插入或(huo)延(yan)伸范围(wei)越大, 缺(que)(que)失(shi)(shi)(shi)区域(yu)的(de)(de)(de)氨基酸越保守, 则支持致(zhi)病的(de)(de)(de)证据越强. 相反, 在重复区域(yu)或(huo)在进化(hua)(hua)中(zhong)不是(shi)很保守的(de)(de)(de)区域(yu)中(zhong)小的(de)(de)(de)框内缺(que)(que)失(shi)(shi)(shi)/插入致(zhi)病的(de)(de)(de)可(ke)能性(xing)较(jiao)小. 

3.9  PM5同一位置新的错义变异(yi)

       如(ru)果(guo)一(yi)(yi)个新(xin)发(fa)错义突(tu)(tu)变(bian)(bian)发(fa)生在(zai)一(yi)(yi)已(yi)知(zhi)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)突(tu)(tu)变(bian)(bian)导(dao)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)相同氨基酸改变(bian)(bian)的(de)位(wei)置(zhi)上(如(ru)Trp38Ser和Trp38Leu), 那么可作为中等致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)证据(但不(bu)(bu)能假定一(yi)(yi)定是致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)的(de)), 尤其当新(xin)的(de)突(tu)(tu)变(bian)(bian)比(bi)已(yi)知(zhi)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)错义突(tu)(tu)变(bian)(bian)更保守(shou)时. 此(ci)外, 不(bu)(bu)同的(de)氨基酸变(bian)(bian)化可能导(dao)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)不(bu)(bu)同的(de)表型. 例(li)如(ru), FGFR3基因(yin)编码的(de)Lys650残基的(de)不(bu)(bu)同变(bian)(bian)化与不(bu)(bu)同的(de)临床表型相关(guan): p.Lys650Gln或p.Lys650Asn会导(dao)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)轻度(du)软(ruan)骨发(fa)育不(bu)(bu)良; p.Lys650Met会导(dao)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)严重的(de)软(ruan)骨发(fa)育不(bu)(bu)全伴(ban)发(fa)育迟缓和黑(hei)棘皮(pi)病(bing);p.Lys650Glu会导(dao)致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)2型发(fa)育异常(chang)及致(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)命的(de)骨骼发(fa)育不(bu)(bu)良.

3.10  PP1 BS4共分离(li)分析

       在(zai)(zai)使用(yong)家(jia)(jia)系(xi)(xi)中变(bian)异(yi)的(de)(de)共(gong)(gong)分离现象作(zuo)为(wei)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)性(xing)证据时(shi)需谨(jin)慎. 事实上(shang), 一个与(yu)(yu)某(mou)种表型相(xiang)关(guan)的(de)(de)特定变(bian)异(yi)在(zai)(zai)某(mou)一家(jia)(jia)系(xi)(xi)中的(de)(de)共(gong)(gong)分离现象是位点与(yu)(yu)疾病(bing)(bing)连(lian)锁的(de)(de)证据, 而不是变(bian)异(yi)本身致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)性(xing)的(de)(de)证据. 一个已经发表的(de)(de)统(tong)计方法显(xian)示, 在(zai)(zai)某(mou)个家(jia)(jia)系(xi)(xi)中鉴定的(de)(de)变(bian)异(yi)可(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)与(yu)(yu)真(zhen)正的(de)(de)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)变(bian)异(yi)是连(lian)锁不平衡的(de)(de). 统(tong)计模型考虑(lv)到了年龄相(xiang)关(guan)的(de)(de)外显(xian)率和(he)拟表型率, 一些新的(de)(de)方法也将(jiang)生(sheng)物信(xin)息分析预测以(yi)及与(yu)(yu)已知致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)突变(bian)共(gong)(gong)存作(zuo)为(wei)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)性(xing)的(de)(de)单独定量指标. 将(jiang)远亲纳入统(tong)计之中是很(hen)重(zhong)要(yao)的(de)(de), 因为(wei)与(yu)(yu)核心家(jia)(jia)系(xi)(xi)成员相(xiang)比, 他(ta)们不太可(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)同(tong)时(shi)有(you)该疾病(bing)(bing)和(he)变(bian)异(yi). 对整(zheng)个基(ji)因进行测序(包(bao)括整(zheng)个内含子和(he)5′和(he)3′非编码区(qu))可(ke)(ke)排查其(qi)他(ta)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)变(bian)异(yi)或(huo)另一个可(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)的(de)(de)变(bian)异(yi)的(de)(de)存在(zai)(zai). 除非仔细评(ping)估基(ji)因位点, 否则非致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)变(bian)异(yi)可(ke)(ke)能(neng)(neng)(neng)被错误地(di)认为(wei)是致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)变(bian)异(yi). 

       当目标基因的特定变异在多个患病的家系成员中以及不同种族背景的多个家系中与表型或疾病共分离时, 则其作为致病的证据不太会受到连锁不平衡和确认偏倚的影响. 在这种情况下, 该标准可以作为中等或强致病证据而不是支持性证据, 其强度取决于共分离的程度. 

       另一方面, 一个(ge)变异与表(biao)型(xing)(xing)并不共分离时,为(wei)其非(fei)致病的(de)(de)强证据. 需要进行仔细的(de)(de)临床评估来排除正(zheng)常个(ge)体的(de)(de)轻(qing)度症状(zhuang)(zhuang)(zhuang)和可能的(de)(de)拟表(biao)型(xing)(xing)(患者表(biao)型(xing)(xing)由非(fei)遗传或不同的(de)(de)遗传原因(yin)引起). 此(ci)外, 需确认(ren)生物学(xue)家(jia)庭(ting)关(guan)系来排除收养、非(fei)生父、精子和卵子捐献以及其他(ta)非(fei)生物学(xue)关(guan)系. 同时, 外显率(lv)下降和年龄依赖性的(de)(de)外显率(lv)也必须考虑, 以确保无症状(zhuang)(zhuang)(zhuang)家(jia)系成(cheng)员是真正(zheng)的(de)(de)无症状(zhuang)(zhuang)(zhuang).

       在临(lin)床实验室(shi)进行(xing)共分离的统(tong)计(ji)评(ping)估可能并(bing)(bing)不容易, 当(dang)鉴定(ding)了合(he)适的家系时, 为了确保建模合(he)适, 并(bing)(bing)避免(mian)得出变异(yi)与疾病相关性的错(cuo)误结(jie)论, 鼓励(li)临(lin)床实验室(shi)与统(tong)计(ji)或群体遗(yi)传(chuan)学(xue)专家合(he)作(zuo). 

3.11  PP2 BP1变异谱

       许(xu)多(duo)基因具有明确的(de)(de)致(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)异(yi)和良性变(bian)异(yi)谱. 在某些基因中(zhong), 错(cuo)(cuo)义(yi)突(tu)变(bian)是(shi)(shi)导致(zhi)(zhi)疾(ji)病(bing)的(de)(de)常(chang)(chang)见(jian)原因, 且(qie)该(gai)基因上的(de)(de)良性突(tu)变(bian)非常(chang)(chang)少, 那么这种基因上的(de)(de)新发(fa)(fa)错(cuo)(cuo)义(yi)突(tu)变(bian)可(ke)(ke)作(zuo)为致(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)异(yi)的(de)(de)支持证(zheng)据(PP2). 相(xiang)反, 有些基因致(zhi)(zhi)病(bing)的(de)(de)唯一已知变(bian)异(yi)是(shi)(shi)截(jie)短突(tu)变(bian), 该(gai)基因上的(de)(de)新发(fa)(fa)错(cuo)(cuo)义(yi)突(tu)变(bian)可(ke)(ke)作(zuo)为良性的(de)(de)支持证(zheng)据(BP1). 例如, ASPM基因的(de)(de)截(jie)短变(bian)异(yi)是(shi)(shi)该(gai)基因引起常(chang)(chang)染色体隐性遗传小头畸形的(de)(de)主要致(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)异(yi)类型, 且(qie)该(gai)基因发(fa)(fa)生错(cuo)(cuo)义(yi)多(duo)态性突(tu)变(bian)的(de)(de)频(pin)率高, 因此(ci)ASPM基因上的(de)(de)错(cuo)(cuo)义(yi)变(bian)异(yi)可(ke)(ke)认为是(shi)(shi)良性影(ying)响的(de)(de)支持证(zheng)据. 

3.12  PP3 BP4生物(wu)信息分析(xi)数据

       不能(neng)(neng)过分相信(xin)生(sheng)物(wu)信(xin)息分析所得到的(de)(de)(de)(de)结果(guo), 特别是(shi)不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)生(sheng)物(wu)信(xin)息算(suan)法(fa)依赖于(yu)(yu)相同(tong)(tong)或相近的(de)(de)(de)(de)数(shu)据进(jin)行(xing)(xing)预(yu)(yu)测(ce), 并(bing)且大多数(shu)生(sheng)物(wu)信(xin)息算(suan)法(fa)未被(bei)已知(zhi)致(zhi)病(bing)变异(yi)(yi)验证过. 此外, 相同(tong)(tong)算(suan)法(fa)对不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)基(ji)因的(de)(de)(de)(de)预(yu)(yu)测(ce)结果(guo)可(ke)能(neng)(neng)完全不同(tong)(tong). 如(ru)果(guo)不同(tong)(tong)种(zhong)类(lei)算(suan)法(fa)的(de)(de)(de)(de)分析预(yu)(yu)测(ce)结果(guo)一致(zhi), 那么生(sheng)物(wu)信(xin)息分析结果(guo)可(ke)以作(zuo)为支(zhi)持的(de)(de)(de)(de)证据. 如(ru)果(guo)绝大多数(shu)算(suan)法(fa)的(de)(de)(de)(de)预(yu)(yu)测(ce)结果(guo)不一致(zhi), 则(ze)这些预(yu)(yu)测(ce)的(de)(de)(de)(de)结果(guo)不能(neng)(neng)用于(yu)(yu)对变异(yi)(yi)进(jin)行(xing)(xing)分类(lei). 若某(mou)一变异(yi)(yi)引起的(de)(de)(de)(de)氨基(ji)酸改变, 在(zai)多个非(fei)人哺(bu)乳动物(wu)物(wu)种(zhong)不太保守(shou)的(de)(de)(de)(de)区域中(zhong)(zhong)出(chu)现, 说明该(gai)变异(yi)(yi)可(ke)能(neng)(neng)不会损害功能(neng)(neng), 可(ke)以作(zuo)为良(liang)性解读的(de)(de)(de)(de)强的(de)(de)(de)(de)证据. 然而,如(ru)果(guo)某(mou)基(ji)因已在(zai)人类(lei)中(zhong)(zhong)发(fa)生(sheng)进(jin)化(如(ru)参与(yu)免疫功能(neng)(neng)的(de)(de)(de)(de)基(ji)因), 那么在(zai)判定该(gai)基(ji)因在(zai)非(fei)保守(shou)区域中(zhong)(zhong)发(fa)生(sheng)的(de)(de)(de)(de)变异(yi)(yi)为良(liang)性时(shi)必须小心. 

3.13  PP4表型支持

       考虑到(dao)几乎所有接受(shou)疾病(bing)针对性(xing)测试的(de)(de)患(huan)者都(dou)有某(mou)(mou)种表(biao)型(xing), 通(tong)常, 不(bu)将(jiang)患(huan)者表(biao)型(xing)与某(mou)(mou)个基(ji)因临(lin)床特征谱匹(pi)配作为(wei)判断致病(bing)的(de)(de)证据. 但是, 如果满(man)足以下条件(jian), 患(huan)者的(de)(de)表(biao)型(xing)可作为(wei)支持证据: (i) 临(lin)床检测的(de)(de)灵敏度高, 大多数带有该(gai)基(ji)因致病(bing)突变(bian)的(de)(de)患(huan)者都(dou)被检测为(wei)阳性(xing); (ii) 患(huan)者有某(mou)(mou)种明确(que)的(de)(de)综(zong)合征的(de)(de)症状, 与其他临(lin)床表(biao)现几乎无重叠(如戈尔林综(zong)合征包括基(ji)底细胞癌、掌(zhang)跖(zhi)坑(keng)和牙源性(xing)角化); (iii) 该(gai)基(ji)因通(tong)常不(bu)存在太多的(de)(de)良性(xing)变(bian)异(可通(tong)过(guo)外显子组等人群测序确(que)定的(de)(de)良性(xing)变(bian)异); (iv) 家族史与疾病(bing)遗传方式(shi)一致. 

3.14  PP5 BP6可(ke)靠(kao)的来源

       现在有越来(lai)越多可靠来(lai)源(如长(zhang)期专注于某(mou)一(yi)疾病(bing)领域的(de)(de)临床实验(yan)(yan)室(shi))的(de)(de)致病(bing)性分类信息(xi)(xi)被分享在数据(ju)(ju)库(ku)中, 但分类判(pan)断所依(yi)据(ju)(ju)的(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju)往往并未提供或者很难获取. 在这种情(qing)况下, 如果(guo)分类信息(xi)(xi)是近期提交的(de)(de), 那它就可以作为一(yi)个(ge)单独的(de)(de)支持证(zheng)据(ju)(ju). 然而(er), 还是鼓励(li)实验(yan)(yan)室(shi)共享分类的(de)(de)判(pan)断依(yi)据(ju)(ju), 并与提交者进行沟通以评估和创建分类证(zheng)据(ju)(ju). 如果(guo)能(neng)获得证(zheng)据(ju)(ju), 则不应使用(yong)这一(yi)条款(kuan),而(er)是应该使用(yong)相关(guan)的(de)(de)证(zheng)据(ju)(ju). 

3.15  BP5对(dui)共发变异(yi)的观察(cha)

       一(yi)(yi)般情况(kuang)下(xia), 当某一(yi)(yi)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)是(shi)(shi)(shi)在(zai)(zai)(zai)一(yi)(yi)个(ge)有明确(que)的(de)(de)(de)(de)(de)遗(yi)(yi)(yi)传病(bing)(bing)(bing)因(yin)的(de)(de)(de)(de)(de)疾病(bing)(bing)(bing)患者中(zhong)(zhong)被观察到(dao)时(shi), 可(ke)(ke)作为(wei)将该变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)解读为(wei)良性的(de)(de)(de)(de)(de)证据(ju). 不过, 也有例外(wai)(wai). 某一(yi)(yi)个(ge)体可(ke)(ke)以(yi)是(shi)(shi)(shi)某一(yi)(yi)不相关隐(yin)性遗(yi)(yi)(yi)传疾病(bing)(bing)(bing)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)(bing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)携带者, 因(yin)此(ci)本证据(ju)与隐(yin)性遗(yi)(yi)(yi)传性疾病(bing)(bing)(bing)相比, 更支持显性遗(yi)(yi)(yi)传性疾病(bing)(bing)(bing)基因(yin)良性变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)分类(lei). 此(ci)外(wai)(wai), 有些疾病(bing)(bing)(bing)当具(ju)有多个(ge)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)可(ke)(ke)以(yi)导致(zhi)(zhi)(zhi)更严重的(de)(de)(de)(de)(de)疾病(bing)(bing)(bing). 例如(ru)(ru), 在(zai)(zai)(zai)一(yi)(yi)个(ge)具(ju)有严重表型的(de)(de)(de)(de)(de)显性遗(yi)(yi)(yi)传患者中(zhong)(zhong)鉴定了(le)两(liang)个(ge)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi), 一(yi)(yi)个(ge)是(shi)(shi)(shi)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de), 一(yi)(yi)个(ge)是(shi)(shi)(shi)新的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi), 父母(mu)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)(yi)个(ge)也有轻微(wei)的(de)(de)(de)(de)(de)疾病(bing)(bing)(bing), 这种情况(kuang)下(xia), 必须考(kao)虑新的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)(ke)能(neng)性, 且新的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)使先证者表型加重. 在(zai)(zai)(zai)这种临床情况(kuang)下(xia), 观察到(dao)的(de)(de)(de)(de)(de)第二个(ge)新的(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)不应分类(lei)为(wei)良性变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi), (尽管在(zai)(zai)(zai)无(wu)进一(yi)(yi)步证据(ju)的(de)(de)(de)(de)(de)前提下(xia)也不认为(wei)该变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)是(shi)(shi)(shi)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de)). 最后, 有些疾病(bing)(bing)(bing)已知为(wei)多基因(yin)遗(yi)(yi)(yi)传模式(shi), 如(ru)(ru)Bardet-Beidel综合征,在(zai)(zai)(zai)第二个(ge)基因(yin)座位上的(de)(de)(de)(de)(de)额外(wai)(wai)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)也有可(ke)(ke)能(neng)是(shi)(shi)(shi)致(zhi)(zhi)(zhi)病(bing)(bing)(bing)的(de)(de)(de)(de)(de), 但(dan)应谨(jin)慎进行报(bao)告(gao). 

3.16  BP7同义变异

       人们逐(zhu)渐(jian)认(ren)识(shi)到经典的(de)(de)剪接(jie)(jie)(jie)序列(lie)(lie)以(yi)外(wai)的(de)(de)剪接(jie)(jie)(jie)错误是一(yi)类(lei)重要的(de)(de)致病(bing)机制, 特(te)别是对那些功(gong)能(neng)(neng)(neng)丧失为(wei)(wei)(wei)其常见致病(bing)机制的(de)(de)基(ji)因. 因此(ci), 在假设(she)同义核(he)(he)苷酸改(gai)变(bian)(bian)没(mei)有(you)影(ying)响(xiang)时应持(chi)谨慎(shen)态度(du). 然而(er)如(ru)(ru)果核(he)(he)苷酸位(wei)置进化(hua)不(bu)保(bao)守, 且(qie)剪接(jie)(jie)(jie)评估(gu)算法预测(ce)其对剪接(jie)(jie)(jie)一(yi)致序列(lie)(lie)没(mei)有(you)影(ying)响(xiang), 也不(bu)会产生(sheng)新(xin)(xin)的(de)(de)经典剪接(jie)(jie)(jie)序列(lie)(lie), 那么剪接(jie)(jie)(jie)影(ying)响(xiang)的(de)(de)可能(neng)(neng)(neng)性(xing)就比较小(xiao). 因此(ci), 如(ru)(ru)果生(sheng)物信(xin)息(xi)分析证据支持(chi)(BP4),可将新(xin)(xin)发同义变(bian)(bian)异(yi)(yi)分类(lei)为(wei)(wei)(wei)可能(neng)(neng)(neng)良性(xing). 然而(er), 如(ru)(ru)果生(sheng)物信(xin)息(xi)分析证据表明(ming)剪接(jie)(jie)(jie)可能(neng)(neng)(neng)有(you)影(ying)响(xiang)或怀(huai)疑有(you)影(ying)响(xiang)(例如(ru)(ru), 发生(sheng)在隐性(xing)遗传病(bing)致病(bing)基(ji)因上(shang), 且(qie)与(yu)已(yi)知(zhi)致病(bing)突(tu)变(bian)(bian)呈反式(shi)排列(lie)(lie)的(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)(yi)), 那么在有(you)功(gong)能(neng)(neng)(neng)评估(gu)可以(yi)提供(gong)更确(que)切的(de)(de)对影(ying)响(xiang)的(de)(de)评估(gu), 或者得到其他可排除该(gai)(gai)变(bian)(bian)异(yi)(yi)致病(bing)作用的(de)(de)证据之前, 该(gai)(gai)类(lei)变(bian)(bian)异(yi)(yi)应该(gai)(gai)归类(lei)为(wei)(wei)(wei)意义不(bu)明(ming)确(que).

4. 序列变异报(bao)告(gao)

       编(bian)写简明而(er)内(nei)容丰富(fu)的临(lin)(lin)(lin)床报告不是(shi)一件(jian)(jian)容易(yi)的事情, 因(yin)为(wei)从检(jian)(jian)测(ce)(ce)单个基因(yin), 到多基因(yin)包(bao), 再到外显子(zi)组和基因(yin)组,变异情况的报告内(nei)容复杂(za)程度会大大增加. 为(wei)规范(fan)报告内(nei)容已出台了一些(xie)指南文件(jian)(jian), 包(bao)括符合ACMG临(lin)(lin)(lin)床实验(yan)(yan)室标准的新一代测(ce)(ce)序检(jian)(jian)测(ce)(ce)完整报告示(shi)例. 临(lin)(lin)(lin)床报告是(shi)实验(yan)(yan)室检(jian)(jian)测(ce)(ce)结果(guo)的最(zui)终体现(xian), 通常会放入(ru)到患(huan)者的电子(zi)健康档(dang)案(an)中. 因(yin)此(ci), 有效的报告应(ying)该(gai)是(shi)简明扼要(yao)(yao)且易(yi)于(yu)理(li)解的. 报告应(ying)该(gai)使用(yong)(yong)(yong)清晰的语(yu)(yu)言(yan)书写, 避(bi)免使用(yong)(yong)(yong)医学遗传(chuan)学术语(yu)(yu), 当(dang)必(bi)须要(yao)(yao)使用(yong)(yong)(yong)时需指明所用(yong)(yong)(yong)术语(yu)(yu)的定义(yi). 报告应(ying)包(bao)含所有的检(jian)(jian)测(ce)(ce)基本要(yao)(yao)素, 包(bao)括结构化的结果(guo)、解释、参考文献、检(jian)(jian)测(ce)(ce)方法(fa)和适当(dang)的免责(ze)声明. 《临(lin)(lin)(lin)床实验(yan)(yan)室改进法(fa)案(an)》(CLIA)以及美国病理(li)学家(jia)学会在针对新一代测(ce)(ce)序临(lin)(lin)(lin)床实验(yan)(yan)标准中, 也强调了上(shang)述基本要(yao)(yao)素. 

4.1  结果

       结果(guo)部分(fen)应根(gen)据(ju)HGVS命名(ming)(ming)规(gui)则(见(jian)命名(ming)(ming)部分(fen))列出变(bian)(bian)异(yi). 考虑(lv)到在(zai)基(ji)因(yin)(yin)(yin)检测(ce)中发现的(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)数目越来越多, 以包(bao)含(han)基(ji)本内容的(de)(de)(de)表格呈现变(bian)(bian)异(yi)结果(guo)可能是传达信息的(de)(de)(de)最好方法. 这些基(ji)本内容包(bao)括(kuo)在(zai)核苷酸(suan)(基(ji)因(yin)(yin)(yin)组(zu)和cDNA)和蛋白质水(shui)平(ping)的(de)(de)(de)命名(ming)(ming)、基(ji)因(yin)(yin)(yin)名(ming)(ming)称、疾(ji)病、遗传模式、外(wai)显子、合子性及变(bian)(bian)异(yi)的(de)(de)(de)分(fen)类(lei). 若亲(qin)本来源明确(que), 也可包(bao)括(kuo)在(zai)内. 此外(wai), 如果(guo)变(bian)(bian)异(yi)是通过基(ji)因(yin)(yin)(yin)分(fen)型(xing)检测(ce)的(de)(de)(de), 实验室(shi)应特别注明受检变(bian)(bian)异(yi)的(de)(de)(de)完(wan)整描述及曾(ceng)用名(ming)(ming). 当报告外(wai)显子组(zu)或全(quan)基(ji)因(yin)(yin)(yin)组(zu)测(ce)序结果(guo), 或偶尔报告包(bao)含(han)基(ji)因(yin)(yin)(yin)数目较多的(de)(de)(de)疾(ji)病基(ji)因(yin)(yin)(yin)包(bao)检测(ce)结果(guo)时(shi), 将变(bian)(bian)异(yi)按(an)“与表型(xing)明确(que)相关的(de)(de)(de)疾(ji)病基(ji)因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)”、“与表型(xing)可能相关的(de)(de)(de)疾(ji)病基(ji)因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)变(bian)(bian)异(yi)”及(在(zai)适当情况(kuang)下)“附(fu)带(dai)(次要)发现”进行分(fen)类(lei)可能有益. 

4.2  解(jie)读

       解(jie)(jie)(jie)读(du)应(ying)包(bao)(bao)含对变(bian)异(yi)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce)结(jie)果(guo)(guo)(guo)进(jin)行(xing)分(fen)类(lei)的(de)(de)(de)(de)证据, 包(bao)(bao)括(kuo)编码蛋(dan)白的(de)(de)(de)(de)功能(neng)影响预测(ce)(ce)(ce), 以(yi)(yi)及(ji)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce)所发现的(de)(de)(de)(de)变(bian)异(yi)是否可能(neng)全部或部分(fen)地解(jie)(jie)(jie)释患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)的(de)(de)(de)(de)临(lin)床表(biao)型. 报告(gao)也应(ying)包(bao)(bao)括(kuo)对临(lin)床医生(sheng)的(de)(de)(de)(de)建议, 这(zhei)些(xie)建议包(bao)(bao)括(kuo)一些(xie)需(xu)补(bu)充的(de)(de)(de)(de)临(lin)床检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce), 如(ru)(ru)对患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)进(jin)行(xing)细胞(bao)酶学/功能(neng)的(de)(de)(de)(de)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce), 以(yi)(yi)及(ji)对患(huan)(huan)(huan)者(zhe)(zhe)家(jia)系其(qi)(qi)他(ta)成员进(jin)行(xing)的(de)(de)(de)(de)变(bian)异(yi)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce), 以(yi)(yi)便为进(jin)一步解(jie)(jie)(jie)读(du)变(bian)异(yi)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce)结(jie)果(guo)(guo)(guo)提(ti)供(gong)支持(chi). 解(jie)(jie)(jie)读(du)应(ying)当包(bao)(bao)括(kuo)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce)结(jie)果(guo)(guo)(guo)部分(fen)描述的(de)(de)(de)(de)全部变(bian)异(yi), 以(yi)(yi)及(ji)其(qi)(qi)他(ta)附加信(xin)(xin)息. 对于各个(ge)变(bian)异(yi)需(xu)要注(zhu)明(ming)是否已经在(zai)先前的(de)(de)(de)(de)文献(xian)、疾病病例或对照数据库中(zhong)(zhong)有(you)过报道. 在(zai)报告(gao)结(jie)尾处(chu)需(xu)要列出对变(bian)异(yi)检(jian)(jian)测(ce)(ce)(ce)结(jie)果(guo)(guo)(guo)分(fen)类(lei)时所引用(yong)的(de)(de)(de)(de)全部参考文献(xian)和信(xin)(xin)息. 解(jie)(jie)(jie)读(du)部分(fen)其(qi)(qi)他(ta)的(de)(de)(de)(de)附加信(xin)(xin)息可以(yi)(yi)包(bao)(bao)括(kuo)对变(bian)异(yi)位点(dian)进(jin)行(xing)进(jin)化保守(shou)性(xing)(xing)分(fen)析的(de)(de)(de)(de)结(jie)果(guo)(guo)(guo)总结(jie). 由于医务(wu)工(gong)作(zuo)者(zhe)(zhe)可能(neng)不熟悉预测(ce)(ce)(ce)算法的(de)(de)(de)(de)局限性(xing)(xing)(详见上(shang)文“3.4生(sheng)物信(xin)(xin)息学计算预测(ce)(ce)(ce)程(cheng)序(xu)”小节),因此, 应(ying)该避(bi)免(mian)报告(gao)对个(ge)体进(jin)行(xing)生(sheng)物信(xin)(xin)息学预测(ce)(ce)(ce)的(de)(de)(de)(de)计算结(jie)果(guo)(guo)(guo)(如(ru)(ru)分(fen)数, 诸如(ru)(ru)“破坏性(xing)(xing)”之类(lei)的(de)(de)(de)(de)术语(yu)), 以(yi)(yi)免(mian)造成医务(wu)工(gong)作(zuo)者(zhe)(zhe)对报告(gao)产(chan)生(sheng)误解(jie)(jie)(jie). 如(ru)(ru)果(guo)(guo)(guo)存在(zai)疾病的(de)(de)(de)(de)外显率下(xia)降(jiang)和表(biao)现度差异(yi), 也需(xu)要将(jiang)有(you)关(guan)的(de)(de)(de)(de)讨论(lun)包(bao)(bao)含在(zai)最终(zhong)的(de)(de)(de)(de)报告(gao)中(zhong)(zhong)

4.3  方法学

       报告中(zhong)应(ying)(ying)说(shuo)(shuo)明(ming)使用的(de)(de)实(shi)验(yan)方(fang)(fang)法(fa)、检(jian)(jian)(jian)测(ce)所涉及(ji)(ji)的(de)(de)变(bian)异(yi)类(lei)型、检(jian)(jian)(jian)测(ce)过(guo)程的(de)(de)难(nan)点, 以及(ji)(ji)检(jian)(jian)(jian)测(ce)变(bian)异(yi)所使用的(de)(de)方(fang)(fang)法(fa)的(de)(de)局限(xian)性. 需(xu)要(yao)说(shuo)(shuo)明(ming)的(de)(de)实(shi)验(yan)方(fang)(fang)法(fa)应(ying)(ying)包括(kuo)(kuo)核酸(suan)的(de)(de)获取方(fang)(fang)法(fa)(如聚合(he)酶(mei)链式(shi)反应(ying)(ying)、捕获、全基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(zu)扩增(zeng)等(deng))以及(ji)(ji)核酸(suan)的(de)(de)检(jian)(jian)(jian)测(ce)方(fang)(fang)法(fa)(如双向Sanger测(ce)序(xu)、下一代测(ce)序(xu)、染(ran)色(se)体基(ji)(ji)因(yin)(yin)芯片、基(ji)(ji)因(yin)(yin)分(fen)型技术等(deng)), 这些信息(xi)可以为医(yi)务(wu)工作者(zhe)提供必(bi)要(yao)的(de)(de)信息(xi), 以帮(bang)助其决(jue)定是否需(xu)要(yao)追加实(shi)验(yan)来(lai)跟进这些检(jian)(jian)(jian)测(ce)结果. 方(fang)(fang)法(fa)部分(fen)还应(ying)(ying)包括(kuo)(kuo)人类(lei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(zu)组(zu)织基(ji)(ji)因(yin)(yin)命名委员会批(pi)准的(de)(de)正式(shi)基(ji)(ji)因(yin)(yin)名称、转录本的(de)(de)RefSeq登录号和所参考(kao)的(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(zu)版本. 对(dui)于(yu)大的(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)包, 基(ji)(ji)因(yin)(yin)水平(ping)的(de)(de)信息(xi)可以通(tong)过(guo)引用URL来(lai)加以说(shuo)(shuo)明(ming). 实(shi)验(yan)室还可以选择(ze)增(zeng)加对(dui)检(jian)(jian)(jian)测(ce)过(guo)程中(zhong)常见(jian)问题(ti)(如样(yang)本质量问题(ti)、样(yang)品混合(he)污染(ran)等(deng))的(de)(de)免责声明(ming). 

4.4  患(huan)者维权团体(ti)、临床实验和研究的获取

       尽管不提倡在实验室报告中对患者提供具体临床指导, 但是在报告中提供对于检测结果分类的总体信息(如全部阳性检测结果)是恰当且有益的. 大量病人群体和临床试验现在可用于多种疾病的支持和治疗. 实验室可以选择将此信息添加到报告的正文或附加信息, 并且与报告一起发送给医务工作者. 在遵守医疗保险便携性和责任法案(HIPAA)保护患者隐私的前提下, 当某一变异检测结果被归为意义不明确时, 实验室可尝试帮助医务工作者和特定的疾病研究小组建立联系. 

4.5  变(bian)异再分析 

       随着新的(de)变(bian)(bian)异证(zheng)据增(zeng)加, 现有的(de)分类标(biao)准需(xu)要修(xiu)订. 例(li)如(ru), 当大样本的(de)有效的(de)人(ren)群变(bian)(bian)异频(pin)率被报道(dao)后(hou), 许多(duo)原本意(yi)(yi)义(yi)不明确(que)的(de)变(bian)(bian)异, 可以因为明确(que)意(yi)(yi)义(yi)而进行重新分类, 而检测家(jia)系中(zhong)其他成员的(de)结果(guo)也可以导致重新分类. 

       随(sui)着检(jian)测(ce)(ce)变(bian)(bian)异(yi)数量(liang)的增加及检(jian)测(ce)(ce)范围的扩大, 无论(lun)是(shi)全(quan)外显子检(jian)测(ce)(ce)还是(shi)全(quan)基因(yin)组测(ce)(ce)序, 都(dou)可以得到(dao)数以百万的变(bian)(bian)异(yi)信息(xi)量(liang). 如果实验(yan)(yan)室(shi)缺乏有效的分析(xi)方法和(he)足(zu)够的文献数据库支(zhi)撑, 将无法进(jin)行变(bian)(bian)异(yi)再分析(xi). 为了满足(zu)医(yi)务人(ren)员和(he)患(huan)者的实际需求(qiu), 实验(yan)(yan)室(shi)应该(gai)开展基因(yin)检(jian)测(ce)(ce)数据再分析(xi), 并明确再分析(xi)是(shi)否产生额外费用. 应该(gai)鼓励实验(yan)(yan)室(shi)为帮助(zhu)医(yi)务人(ren)员和(he)患(huan)者而(er)不断开发更新(xin)信息(xi)的新(xin)途(tu)径. 

       当报告中有(you)针对(dui)(dui)主要(yao)指(zhi)征的(de)基因中存在临床意(yi)义不(bu)明的(de)变(bian)异(yi), 在实(shi)(shi)验室又无法(fa)及时(shi)提供更新的(de)数据时(shi), 建议医务人(ren)员定期查询其不(bu)明意(yi)义的(de)变(bian)异(yi)结(jie)果是否被更改. 另一(yi)方面, 鼓励实(shi)(shi)验室在对(dui)(dui)变(bian)异(yi)的(de)分(fen)类有(you)重要(yao)变(bian)化时(shi)(如致病性或良性的(de)变(bian)异(yi)被修改)必须主动及时(shi)地(di)更新报告. 关于医生对(dui)(dui)病人(ren)报告更新方面的(de)责任, 可(ke)详(xiang)见ACMG有(you)关指(zhi)南. 

4.6  变异的验证

       关(guan)于(yu)(yu)变异(yi)验(yan)证的(de)(de)建议已在其(qi)他(ta)地方(fang)阐述了(le). 再次重(zhong)申(shen), 对(dui)于(yu)(yu)孟德尔疾病(bing)的(de)(de)致病(bing)或可(ke)能致病(bing)变异(yi)需进行正交(jiao)法(fa)验(yan)证. 具(ju)体方(fang)法(fa)包(bao)括但不限(xian)于(yu)(yu)以下几种: 重(zhong)新(xin)取样和检测(ce)、检测(ce)父母的(de)(de)变异(yi)情况(kuang)、限(xian)制性内(nei)切酶消化(hua)、对(dui)于(yu)(yu)目(mu)标区域重(zhong)新(xin)测(ce)序或使用(yong)另一种基因分(fen)型(xing)技术(shu).

5. 特殊考虑

5.1  对临床意义不明确的(de)基因(GUS)中(zhong)的(de)变异的(de)评估和报告(gao)

       基因(yin)(yin)组和外显(xian)(xian)子组测(ce)序正在不(bu)(bu)断(duan)鉴定出新的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基因(yin)(yin)型(xing)-表(biao)型(xing)关联(lian). 当实验室发现(xian)某个(ge)基因(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)异, 但尚(shang)未证(zheng)(zheng)(zheng)实此基因(yin)(yin)与(yu)病(bing)人的(de)(de)(de)(de)(de)(de)表(biao)型(xing)有(you)(you)关联(lian), 该变(bian)异称为(wei)GUS变(bian)异. 这(zhei)种情(qing)(qing)况可(ke)出现(xian)在当一个(ge)基因(yin)(yin)从未与(yu)任何(he)(he)病(bing)人表(biao)型(xing)相(xiang)关联(lian)时, 或者(zhe)与(yu)此基因(yin)(yin)相(xiang)关联(lian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)表(biao)型(xing)不(bu)(bu)同于(yu)正在被考虑(lv)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)表(biao)型(xing). 当推荐的(de)(de)(de)(de)(de)(de)指(zhi)(zhi)南应用(yong)于(yu)GUS时必须特别注意(yi). 在这(zhei)种情(qing)(qing)况下, 由于(yu)目前(qian)指(zhi)(zhi)南中的(de)(de)(de)(de)(de)(de)变(bian)异分类规(gui)则适(shi)用(yong)于(yu)已经明(ming)确的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基因(yin)(yin)型(xing)-表(biao)型(xing)关联(lian), 但并不(bu)(bu)适(shi)合未知的(de)(de)(de)(de)(de)(de)情(qing)(qing)况. 例如, 纵观(guan)外显(xian)(xian)子组或基因(yin)(yin)组, 考虑(lv)到所有(you)(you)个(ge)体的(de)(de)(de)(de)(de)(de)外显(xian)(xian)子组中预计约有(you)(you)1个(ge)新发变(bian)异或基因(yin)(yin)组中约有(you)(you)100个(ge)新发变(bian)异, 新发变(bian)异的(de)(de)(de)(de)(de)(de)发现(xian)不(bu)(bu)再(zai)是(shi)致病(bing)性(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)强有(you)(you)力证(zheng)(zheng)(zheng)据. 同样地(di), 整个(ge)基因(yin)(yin)组中成千上万个(ge)变(bian)异可(ke)与(yu)显(xian)(xian)著的(de)(de)(de)(de)(de)(de)LOD值共分离. 此外, 许(xu)多明(ming)显(xian)(xian)破坏基因(yin)(yin)或其蛋白的(de)(de)(de)(de)(de)(de)有(you)(you)害变(bian)异(无义、移(yi)码(ma)、典型(xing)±1, 2剪接位(wei)点、外显(xian)(xian)子水平缺失(shi))可(ke)能被检测(ce)出来(lai), 然而, 在对任何(he)(he)疾病(bing)表(biao)型(xing)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)解释中, 这(zhei)些变(bian)异都不(bu)(bu)是(shi)充分的(de)(de)(de)(de)(de)(de)致病(bing)证(zheng)(zheng)(zheng)据. 

       GUS中(zhong)发(fa)现的变(bian)异(yi)(yi)(yi)可作(zuo)为候选, 并(bing)可报告为“意(yi)义不(bu)明(ming)确的基因变(bian)异(yi)(yi)(yi)”. 如(ru)(ru)果报道这些变(bian)异(yi)(yi)(yi), 应该一直被分类为意(yi)义不(bu)明(ming)确. 在(zai)(zai)任何基因变(bian)异(yi)(yi)(yi)可被考虑为疾病(bing)的致(zhi)病(bing)原(yuan)因之前(qian), 都(dou)需(xu)要附(fu)加的证(zheng)据(ju)支(zhi)持基因与(yu)疾病(bing)的关联(lian). 例(li)如(ru)(ru), 与(yu)罕(han)见表型匹配和存(cun)在(zai)(zai)相(xiang)同基因上(shang)存(cun)在(zai)(zai)有害(hai)变(bian)异(yi)(yi)(yi)的其他病(bing)例(li)使得(de)可以根据(ju)此(ci)指南(nan)对(dui)某一变(bian)异(yi)(yi)(yi)进行分类. 

5.2  在健康个体中评估变异(yi)或作为偶然发现

       当评估在(zai)健(jian)康(kang)或无症(zheng)状(zhuang)个(ge)体中检(jian)测(ce)到的(de)(de)变异(yi)(yi)或者解释与(yu)主(zhu)要检(jian)测(ce)指征(zheng)无关的(de)(de)偶然发(fa)现的(de)(de)变异(yi)(yi)时(shi), 必须谨慎使(shi)用此指南. 在(zai)这些情况下, 所识别变异(yi)(yi)为(wei)致(zhi)病(bing)(bing)变异(yi)(yi)的(de)(de)概率(lv)(lv)可能远低(di)于疾(ji)病(bing)(bing)靶向性检(jian)测(ce). 正因(yin)为(wei)如此, 当判定这些变异(yi)(yi)为(wei)致(zhi)病(bing)(bing)变异(yi)(yi)时(shi), 不(bu)仅需(xu)要更强的(de)(de)证据支持, 而且需(xu)要额外(wai)谨慎. 此外(wai), 和基(ji)于确诊患者预测(ce)的(de)(de)外(wai)显(xian)(xian)率(lv)(lv)相比, 在(zai)无相关表(biao)型或家族(zu)史(shi)个(ge)体中发(fa)现的(de)(de)致(zhi)病(bing)(bing)变异(yi)(yi)的(de)(de)预测(ce)外(wai)显(xian)(xian)率(lv)(lv)可能要低(di)很多. 

5.3  线粒(li)体变异

       除了明(ming)确(que)的(de)(de)致病变异(yi), 线粒(li)体变异(yi)的(de)(de)解读是复杂且依旧充满(man)挑战的(de)(de), 此处提出(chu)了一些特殊的(de)(de)考虑. 

       线(xian)粒体变(bian)异(yi)的(de)命(ming)名法(fa)与核基(ji)因的(de)标准命(ming)名法(fa)不(bu)同, 使(shi)用基(ji)因名和(he)m.编(bian)(bian)号(hao)(hao)(如m.8993T>C)和(he)p.编(bian)(bian)号(hao)(hao), 而不(bu)是标准的(de)c.编(bian)(bian)号(hao)(hao)(见命(ming)名法(fa)). 目前公(gong)认的(de)参(can)考序列(lie)是人类(lei)线(xian)粒体DNA修订版剑桥参(can)考序列(lie): 基(ji)因库序列(lie)NC_012920gi: 251831106(http://www.mitomap. org/MITOMAP/HumanMitoSeq).

       如(ru)(ru)果已通过检(jian)测(ce)对异(yi)(yi)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing)水(shui)平进行确定, 应该对异(yi)(yi)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing)或同(tong)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing), 以及(ji)变(bian)异(yi)(yi)异(yi)(yi)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing)的(de)(de)评估进行报道. 不同(tong)组(zu)(zu)织类型的(de)(de)异(yi)(yi)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing)百(bai)分(fen)比(bi)因检(jian)测(ce)样本的(de)(de)不同(tong)而有所改变(bian). 因此(ci), 低异(yi)(yi)质(zhi)(zhi)性(xing)(xing)水(shui)平也必须(xu)结(jie)合所检(jian)测(ce)组(zu)(zu)织进行解(jie)读(du)(du), 且它(ta)们可能仅在(zai)受(shou)累及(ji)的(de)(de)组(zu)(zu)织中(zhong)才是(shi)有意(yi)义(yi)的(de)(de), 如(ru)(ru)肌肉组(zu)(zu)织. 超过275个与(yu)疾病相关(guan)的(de)(de)线(xian)(xian)粒(li)体DNA变(bian)异(yi)(yi)已被记录(http://mitomap.org/ bin/view.pl/MITOMAP/WebHome). MitoMap是(shi)线(xian)(xian)粒(li)体变(bian)异(yi)(yi)及(ji)单倍型相关(guan)信息(xi)的(de)(de)主要(yao)来源(yuan). 其他资(zi)源(yuan), 如(ru)(ru)频率信息(xi)(http://www.mtdb.igp.uu.se/)、二(er)级结(jie)构(gou)、序列(lie)和线(xian)(xian)粒(li)体转运(yun)RNA的(de)(de)比(bi)对(http://mamittrna.u- strasbg.fr/)、线(xian)(xian)粒(li)体单倍群(http://www.phylotree. org/)和其他信息(xi)(http://www.mtdnacommunity.org/default.aspx), 可能在(zai)解(jie)读(du)(du)线(xian)(xian)粒(li)体变(bian)异(yi)(yi)时是(shi)有用的(de)(de). 

       鉴于线粒(li)体(ti)变(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)评(ping)估(gu)的(de)(de)(de)难度(du), 本(ben)指(zhi)南并(bing)未包括单(dan)独的(de)(de)(de)证据清单(dan). 然而(er), 任何(he)证据的(de)(de)(de)应用均需要格(ge)外谨慎.线粒(li)体(ti)基(ji)因(yin)(yin)(yin)组(zu)中的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)(yin)(yin)编(bian)码(ma)转运RNA和(he)蛋白质(zhi), 因(yin)(yin)(yin)此, 评(ping)估(gu)氨基(ji)酸(suan)的(de)(de)(de)变(bian)化仅与蛋白质(zhi)的(de)(de)(de)编(bian)码(ma)基(ji)因(yin)(yin)(yin)有关(guan)(guan)(guan). 同(tong)样(yang)地, 因(yin)(yin)(yin)为很多线粒(li)体(ti)变(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)是(shi)(shi)错(cuo)义突(tu)(tu)变(bian), 截短(duan)(duan)突(tu)(tu)变(bian)的(de)(de)(de)证据标准(zhun)可(ke)(ke)能(neng)并(bing)不(bu)适用. 由(you)(you)于截短(duan)(duan)突(tu)(tu)变(bian)并(bing)不(bu)符合(he)多数线粒(li)体(ti)基(ji)因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)已知变(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)谱(pu), 其意义可(ke)(ke)能(neng)是(shi)(shi)不(bu)确定的(de)(de)(de). 尽(jin)管(guan)(guan)线粒(li)体(ti)变(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)是(shi)(shi)典型的(de)(de)(de)母系遗传, 它们也可(ke)(ke)以(yi)(yi)(yi)散发. 然而(er)由(you)(you)于异(yi)(yi)(yi)(yi)质(zhi)性(xing)可(ke)(ke)能(neng)低于试验检测(ce)水(shui)平或组(zu)织间的(de)(de)(de)差异(yi)(yi)(yi)(yi), 新(xin)发变(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)是(shi)(shi)难以(yi)(yi)(yi)评(ping)估(gu)的(de)(de)(de). 异(yi)(yi)(yi)(yi)质(zhi)性(xing)水(shui)平可(ke)(ke)能(neng)是(shi)(shi)家族内(nei)表达(da)差异(yi)(yi)(yi)(yi)和(he)外显率(lv)降低的(de)(de)(de)原因(yin)(yin)(yin). 尽(jin)管(guan)(guan)如此, 异(yi)(yi)(yi)(yi)质(zhi)性(xing)百分比(bi)和(he)疾病(bing)严重程(cheng)度(du)之间仍(reng)缺乏相(xiang)关(guan)(guan)(guan)性(xing). 肌(ji)肉(rou)(rou)、肝脏或尿液可(ke)(ke)以(yi)(yi)(yi)作为附(fu)加样(yang)本(ben)类型用于临(lin)床(chuang)评(ping)估(gu). 未检测(ce)到的(de)(de)(de)异(yi)(yi)(yi)(yi)质(zhi)性(xing)也可(ke)(ke)能(neng)影响病(bing)例、病(bing)例对照和(he)家系一致性(xing)研(yan)究的(de)(de)(de)结果. 此外, 没(mei)有现成的(de)(de)(de)功能(neng)研(yan)究方(fang)法(fa), 尽(jin)管(guan)(guan)评(ping)估(gu)肌(ji)肉(rou)(rou)形态可(ke)(ke)能(neng)会有所帮助(即破(po)碎红纤维(wei)的(de)(de)(de)存在). 频率(lv)数据和(he)已发表的(de)(de)(de)证明(ming)因(yin)(yin)(yin)果关(guan)(guan)(guan)系的(de)(de)(de)研(yan)究往(wang)往(wang)是(shi)(shi)检测(ce)报(bao)告上唯一的(de)(de)(de)评(ping)估(gu)标准(zhun). 单(dan)倍群分析可(ke)(ke)以(yi)(yi)(yi)作为线粒(li)体(ti)疾病(bing)的(de)(de)(de)另一个(ge)工(gong)具, 但可(ke)(ke)能(neng)不(bu)是(shi)(shi)临(lin)床(chuang)实验室(shi)已使用的(de)(de)(de)常规(gui)方(fang)法(fa), 而(er)且(qie)临(lin)床(chuang)相(xiang)关(guan)(guan)(guan)性(xing)难以(yi)(yi)(yi)解释. 

       因(yin)为核基(ji)因(yin)变异(yi)也可能是氧化(hua)疾(ji)病的(de)致病原因(yin)或(huo)起着调节线(xian)(xian)粒体变异(yi)的(de)作用, 因(yin)此(ci)应考虑检测(ce)与线(xian)(xian)粒体疾(ji)病相关的(de)核基(ji)因(yin). 

5.4  药物基因组学

       确认(ren)基因(yin)(yin)(yin)变(bian)异(yi)在(zai)(zai)药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)代谢中的(de)(de)(de)作用(yong)具有挑战(zhan)性, 部分原因(yin)(yin)(yin)在(zai)(zai)于其(qi)(qi)表型只(zhi)有在(zai)(zai)接触药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)后才得以(yi)显现(xian). 不过, 临床上现(xian)已(yi)报告了(le)各种与药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)疗效和(he)副作用(yong)风险相(xiang)关的(de)(de)(de)基因(yin)(yin)(yin)变(bian)异(yi), 且(qie)其(qi)(qi)数量仍然在(zai)(zai)不断(duan)增加. 相(xiang)关基因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)汇总及其(qi)(qi)有临床意义(yi)的(de)(de)(de)变(bian)异(yi)可(ke)查询(xun)药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)基因(yin)(yin)(yin)组学知识库网站(zhan)(http://www.pharmgkb.org/). 有关细胞色素(su)P450基因(yin)(yin)(yin)家族(zu)等位基因(yin)(yin)(yin)及其(qi)(qi)命名可(ke)查询(xun)网站(zhan)http://www.cypalleles.ki.se/. 尽管(guan)解读药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)基因(yin)(yin)(yin)组变(bian)异(yi)已(yi)超出了(le)本文的(de)(de)(de)范围, 还(hai)是对与解读及报告药(yao)(yao)物(wu)(wu)(wu)基因(yin)(yin)(yin)组结果相(xiang)关的(de)(de)(de)挑战(zhan)和(he)鉴别进行了(le)讨论. 

       传(chuan)统(tong)的(de)(de)药物基(ji)因组(zu)等位基(ji)因命(ming)(ming)名使(shi)(shi)用星号(hao)(*)标(biao)(biao)记等位基(ji)因, 通常用于表示单(dan)倍型或同一等位上基(ji)因变异的(de)(de)组(zu)合. 依据旧的(de)(de)参考序(xu)列(lie)的(de)(de)传(chuan)统(tong)核苷酸编号(hao)规则仍然(ran)在使(shi)(shi)用. 而(er)将传(chuan)统(tong)命(ming)(ming)名转换(huan)为使(shi)(shi)用新(xin)参考序(xu)列(lie)的(de)(de)标(biao)(biao)准命(ming)(ming)名会是一项(xiang)艰巨的(de)(de)任务(wu), 但这对于下一代(dai)测序(xu)的(de)(de)信(xin)息学分析应用是必(bi)要(yao)的(de)(de). 

       在药物基因(yin)组相关基因(yin)上已(yi)经鉴定了多种(zhong)变(bian)异(yi)类型(xing), 如截短、错义(yi)、缺(que)失、重复(含功(gong)能(neng)(neng)及非(fei)功(gong)能(neng)(neng)等位基因(yin))及基因(yin)转换(huan), 它们可导致等位基因(yin)功(gong)能(neng)(neng)性或(huo)部分(fen)(fen)(fen)功(gong)能(neng)(neng)性丧(sang)失(功(gong)能(neng)(neng)减退或(huo)降低)以及无功(gong)能(neng)(neng)性(无效)等位基因(yin). 解读序列变(bian)异(yi)常需依据由各(ge)种(zhong)遗传变(bian)异(yi)组合成的单倍(bei)型(xing)信息. 单倍(bei)型(xing)一般根据人群频率(lv)和已(yi)知变(bian)异(yi)关联(lian)分(fen)(fen)(fen)析信息进行推定, 而(er)非(fei)通过(guo)直(zhi)接(jie)检测染色体片(pian)段(分(fen)(fen)(fen)子(zi)单倍(bei)型(xing))来(lai)实现. 

       此外, 对于(yu)(yu)(yu)许多药(yao)物基因(yin)(yin)组基因(yin)(yin)(特别是酶编(bian)码基因(yin)(yin)变(bian)异(yi)), 其(qi)整体表(biao)型(xing)(xing)取决于(yu)(yu)(yu)二倍(bei)型(xing)(xing), 即两个等(deng)位基因(yin)(yin)上的变(bian)异(yi)或(huo)单(dan)倍(bei)型(xing)(xing)组合. 由于(yu)(yu)(yu)药(yao)物基因(yin)(yin)组变(bian)异(yi)并不直接导致(zhi)疾病(bing), 使用(yong)代(dai)谢(快速、中(zhong)等(deng)及(ji)减弱)、疗效(xiao)(耐(nai)药(yao)、响应及(ji)敏感)或(huo)“风险”而非“致(zhi)病(bing)”应更为(wei)恰当. 需要建立(li)起在(zai)本领域保持一致(zhi)性的专业术语(yu)和解读指(zhi)南. 

5.5  常见(jian)复杂疾病(bing)

       与(yu)孟德尔(er)疾病(bing)(bing)以家系为基(ji)础(chu)的(de)(de)研究不同, 常见复(fu)杂疾病(bing)(bing)(如(ru)2型糖尿(niao)病(bing)(bing)、冠(guan)心病(bing)(bing)和高血压)相关基(ji)因的(de)(de)鉴定, 在很大程度上依赖于以人(ren)群为基(ji)础(chu)的(de)(de)方法(如(ru)全基(ji)因组关联(lian)分析). 目前, 大量的(de)(de)全基(ji)因组关联(lian)研究报告已对1200余种常见复(fu)杂疾病(bing)(bing)和性状(zhuang)的(de)(de)风险等位(wei)基(ji)因进(jin)行了编目. 然而, 这些变(bian)异(yi)大多数位(wei)于基(ji)因之间的(de)(de)区域(yu), 尚需要进(jin)一步的(de)(de)研究来确定这些变(bian)异(yi)是否通过(guo)影响调(diao)控(kong)因子而直接导致疾病(bing)(bing), 或(huo)者(zhe)与(yu)致病(bing)(bing)变(bian)异(yi)处于连(lian)锁(suo)不平衡状(zhuang)态. 

       常(chang)见(jian)(jian)复(fu)(fu)杂风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)通常(chang)被赋予(yu)较低的(de)(de)(de)(de)相对风(feng)(feng)险(xian), 且预测(ce)能(neng)力薄(bo)弱(ruo). 迄(qi)今为(wei)止, 常(chang)见(jian)(jian)复(fu)(fu)杂风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)检测(ce)对于患者治疗的(de)(de)(de)(de)效用(yong)[41]尚不(bu)(bu)清楚, 将多个指标(biao)组合起来进行(xing)累计风(feng)(feng)险(xian)评估的(de)(de)(de)(de)模型(xing)往往是有(you)缺(que)陷(xian)的(de)(de)(de)(de), 通常(chang)并不(bu)(bu)优于家(jia)族史、人口统(tong)计资料(liao)和非遗传(chuan)性临床表(biao)型(xing)等(deng)(deng)传(chuan)统(tong)风(feng)(feng)险(xian)因(yin)(yin)(yin)素. 另外, 在(zai)几乎所有(you)的(de)(de)(de)(de)常(chang)见(jian)(jian)疾病(bing)中(zhong), 风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)仅可解释至(zhi)多10%的(de)(de)(de)(de)群体(ti)变异, 即(ji)使(shi)当疾病(bing)有(you)高度遗传(chuan)度时也是如(ru)此. 考虑到问题的(de)(de)(de)(de)复(fu)(fu)杂性, 本建议并不(bu)(bu)涉(she)及复(fu)(fu)杂性状的(de)(de)(de)(de)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)解读和报告(gao). 然而(er)我们认(ren)识到, 在(zai)对孟德(de)尔基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)进行(xing)测(ce)序(xu)时可以(yi)识别这(zhei)些等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)中(zhong)的(de)(de)(de)(de)一部分, 因(yin)(yin)(yin)此需要有(you)偶然发现这(zhei)些等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)时如(ru)何进行(xing)报告(gao)的(de)(de)(de)(de)指南(nan). 这(zhei)种情况(kuang)下, 术语“致(zhi)病(bing)的(de)(de)(de)(de)”和“可能(neng)致(zhi)病(bing)的(de)(de)(de)(de)”并不(bu)(bu)适用(yong), 即(ji)使(shi)关联(lian)在(zai)统(tong)计学上是有(you)效的(de)(de)(de)(de). 在(zai)建立更好的(de)(de)(de)(de)指南(nan)之前, 临时的(de)(de)(de)(de)解决办(ban)法是将这(zhei)些变异报告(gao)为(wei)“风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)”, 或在(zai)诊断报告(gao)中(zhong)设(she)立一个单独的(de)(de)(de)(de)“其他报告(gao)”类别. 同病(bing)例对照/全基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)组关联(lian)研究鉴定一样, 风(feng)(feng)险(xian)证据可以(yi)通过修(xiu)改术语来表(biao)达, 如(ru)“确定的(de)(de)(de)(de)风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)”, “可能(neng)的(de)(de)(de)(de)风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)”或“不(bu)(bu)确定的(de)(de)(de)(de)风(feng)(feng)险(xian)等(deng)(deng)位(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)”. 

5.6  体细(xi)胞变异

       体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)主要见于癌细胞, 因为其(qi)等(deng)位基因比值(zhi)高度(du)可(ke)变(bian)(bian)(bian)(bian), 且肿(zhong)瘤异(yi)(yi)(yi)(yi)质性(xing)(xing)也(ye)(ye)可(ke)导致取样差异(yi)(yi)(yi)(yi). 在(zai)描述(shu)其(qi)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)时(shi), 具(ju)有原发性(xing)(xing)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)所没有的(de)(de)(de)(de)(de)复(fu)杂(za)(za)性(xing)(xing). 变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)解(jie)读有助于选择治(zhi)疗方案和(he)预测(ce)治(zhi)疗效果(guo)、也(ye)(ye)应用于评估整体(ti)生存率(lv)或肿(zhong)瘤无进展生存期, 因而体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)分(fen)类更(geng)加复(fu)杂(za)(za). 在(zai)对阴性(xing)(xing)结果(guo)解(jie)读时(shi), 了解(jie)测(ce)序(xu)(xu)分(fen)析的(de)(de)(de)(de)(de)检测(ce)方法局限性(xing)(xing)(变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)可(ke)在(zai)何种(zhong)等(deng)位基因频率(lv)时(shi)被检测(ce)到)至关重要, 此外(wai)也(ye)(ye)需(xu)要了解(jie)样本中肿(zhong)瘤含量的(de)(de)(de)(de)(de)特(te)定信息. 与胚系(xi)变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)相比, 体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)分(fen)类类别也(ye)(ye)不同, 通常(chang)使用“敏感”、“拮抗”、“驱动”和(he)“伴随”等(deng)术语. 一个变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)是(shi)否是(shi)体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)需(xu)要通过患(huan)者胚系(xi)DNA的(de)(de)(de)(de)(de)序(xu)(xu)列分(fen)析来证实. 体(ti)细胞变(bian)(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)(yi)还需(xu)要另外(wai)的(de)(de)(de)(de)(de)解(jie)读指(zhi)南, 除了参考(kao)原发性(xing)(xing)突变(bian)(bian)(bian)(bian)的(de)(de)(de)(de)(de)数据库以外(wai), 还需(xu)要肿(zhong)瘤特(te)异(yi)(yi)(yi)(yi)性(xing)(xing)数据库作为参考(kao). 为了解(jie)决这个问(wen)题, 最(zui)近(jin)AMP已经(jing)成立了一个工(gong)作组.

6.  医务工作者如(ru)何使用(yong)这些指南和建议

       临(lin)床实验室检(jian)测的(de)(de)主(zhu)要目的(de)(de)是为医(yi)(yi)疗决策提供(gong)依据. 在临(lin)床上, 基因检(jian)测一般用于识(shi)别或确认疾(ji)病的(de)(de)原因, 并(bing)帮助医(yi)(yi)务(wu)工(gong)作(zuo)者做(zuo)出个性化的(de)(de)治疗决策, 包括用药的(de)(de)选择. 鉴于基因检(jian)测的(de)(de)复杂性, 检(jian)测过程中需相关医(yi)(yi)务(wu)工(gong)作(zuo)者和(he)临(lin)床实验室协作(zuo)才能得到(dao)最佳结果. 

       当医务(wu)工作者提出基(ji)因(yin)(yin)检(jian)测需求时, 需将患(huan)者的(de)(de)(de)(de)临(lin)床信(xin)息提供给实(shi)验(yan)室(shi). 由于(yu)医务(wu)工作者越(yue)(yue)来(lai)越(yue)(yue)多地使用基(ji)因(yin)(yin)组(全外显子组或全基(ji)因(yin)(yin)组)测序(xu)(xu), 而(er)详细的(de)(de)(de)(de)临(lin)床信(xin)息有助于(yu)对检(jian)测结(jie)果的(de)(de)(de)(de)解(jie)读, 因(yin)(yin)此向实(shi)验(yan)室(shi)提供临(lin)床信(xin)息就变(bian)得越(yue)(yue)来(lai)越(yue)(yue)重要(yao). 例如, 当一个实(shi)验(yan)室(shi)在基(ji)因(yin)(yin)组测序(xu)(xu)样(yang)品中发(fa)(fa)现一个罕(han)见或新发(fa)(fa)的(de)(de)(de)(de)变(bian)异时, 实(shi)验(yan)室(shi)负(fu)责人不(bu)能仅因(yin)(yin)为该变(bian)异是罕(han)见的(de)(de)(de)(de)、新发(fa)(fa)现的(de)(de)(de)(de)或者新发(fa)(fa)的(de)(de)(de)(de)来(lai)确定(ding)它的(de)(de)(de)(de)致病(bing)性(xing). 该实(shi)验(yan)室(shi)必(bi)须通过患(huan)者的(de)(de)(de)(de)病(bing)史、家(jia)族史、体格(ge)检(jian)查(cha)和(he)前期实(shi)验(yan)室(shi)检(jian)查(cha)对变(bian)异和(he)基(ji)因(yin)(yin)进(jin)行评估, 进(jin)而(er)区分致病(bing)变(bian)异和(he)其他偶然(次(ci)要(yao))发(fa)(fa)现或良性(xing)变(bian)异. 事(shi)实(shi)上, 准(zhun)确和(he)完整的(de)(de)(de)(de)临(lin)床信(xin)息对于(yu)基(ji)因(yin)(yin)组水平DNA序(xu)(xu)列检(jian)测结(jie)果的(de)(de)(de)(de)解(jie)读是不(bu)可(ke)或缺的(de)(de)(de)(de), 若待测样(yang)品不(bu)能提供此类信(xin)息, 实(shi)验(yan)室(shi)可(ke)以合理拒绝(jue)继续进(jin)行检(jian)测. 

       利用如(ru)高通量的(de)(de)靶(ba)向测(ce)(ce)序(xu)、全外(wai)显(xian)子组(zu)和(he)全基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(zu)测(ce)(ce)序(xu)等覆(fu)盖广泛表(biao)型(xing)(xing)(xing)的(de)(de)方法(fa)进(jin)行检测(ce)(ce), 实验(yan)室可能(neng)会(hui)发(fa)现(xian)候选的(de)(de)致(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)异(yi)(yi). 对医务工作者(zhe)和(he)患(huan)(huan)(huan)者(zhe)后续的(de)(de)随访可能(neng)会(hui)发(fa)现(xian)更(geng)多的(de)(de)证据(ju)来支持某一(yi)变(bian)异(yi)(yi)的(de)(de)致(zhi)(zhi)病(bing)性(xing)(xing)(xing). 这(zhei)些补充的(de)(de)表(biao)型(xing)(xing)(xing)信息(xi)可能(neng)是亚临床症状, 需要进(jin)一(yi)步完善相(xiang)关的(de)(de)临床检测(ce)(ce)(例如(ru),一(yi)个(ge)(ge)在(zai)(zai)SLC26A4基(ji)(ji)因(yin)(yin)(与(yu)Pendred综合征相(xiang)关的(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin))上有不确(que)定变(bian)异(yi)(yi)的(de)(de)听(ting)力(li)受损患(huan)(huan)(huan)者(zhe), 需要进(jin)行CT检查判断其(qi)(qi)有无颞骨(gu)异(yi)(yi)常(chang)).此外(wai), 当(dang)发(fa)现(xian)一(yi)个(ge)(ge)变(bian)异(yi)(yi)可能(neng)是新发(fa)变(bian)异(yi)(yi), 或者(zhe)当(dang)一(yi)个(ge)(ge)变(bian)异(yi)(yi)在(zai)(zai)家(jia)系(xi)(xi)中(zhong)与(yu)表(biao)型(xing)(xing)(xing)共分(fen)离, 或者(zhe)在(zai)(zai)隐性(xing)(xing)(xing)遗传致(zhi)(zhi)病(bing)基(ji)(ji)因(yin)(yin)中(zhong)一(yi)个(ge)(ge)变(bian)异(yi)(yi)与(yu)另一(yi)个(ge)(ge)致(zhi)(zhi)病(bing)变(bian)异(yi)(yi)处于反式位(wei)置时, 必(bi)须在(zai)(zai)其(qi)(qi)他家(jia)系(xi)(xi)成员中(zhong)进(jin)行验(yan)证.在(zai)(zai)显(xian)性(xing)(xing)(xing)遗传性(xing)(xing)(xing)疾病(bing)的(de)(de)情况下, 在(zai)(zai)健康亲(qin)属中(zhong)观察(cha)到的(de)(de)绝大(da)部分(fen)变(bian)异(yi)(yi)可以被过(guo)滤或删减, 这(zhei)样可使(shi)解读更(geng)加(jia)有效和(he)准确(que). 为此,强烈建议在(zai)(zai)开展外(wai)显(xian)子组(zu)或基(ji)(ji)因(yin)(yin)组(zu)测(ce)(ce)序(xu)时, 尽(jin)力(li)做到“核心家(jia)系(xi)(xi)”检测(ce)(ce)(即母亲(qin)、父亲(qin)、患(huan)(huan)(huan)病(bing)儿(er)童(tong)), 尤(you)其(qi)(qi)是对怀(huai)疑有隐性(xing)(xing)(xing)遗传或新发(fa)变(bian)异(yi)(yi)的(de)(de)患(huan)(huan)(huan)者(zhe). 与(yu)成人患(huan)(huan)(huan)者(zhe)相(xiang)比(bi), 这(zhei)显(xian)然(ran)在(zai)(zai)儿(er)科(ke)患(huan)(huan)(huan)者(zhe)中(zhong)更(geng)易实现(xian). 在(zai)(zai)没有父母一(yi)方或双方时, 纳入患(huan)(huan)(huan)病(bing)和(he)正常(chang)的(de)(de)兄(xiong)弟姐妹也是有意义的(de)(de). 

       许多遗传变(bian)异会(hui)导致一(yi)系(xi)列表型(不同(tong)程(cheng)度的(de)表现度), 疾病(bing)(bing)发生的(de)机(ji)率(lv)也(ye)可能(neng)不是100%(外显率(lv)降低), 这些均进一(yi)步(bu)(bu)强调了向临床(chuang)实验室提供全面的(de)临床(chuang)数据来帮助(zhu)解读(du)变(bian)异的(de)重(zhong)要(yao)性. 在理(li)想的(de)情况(kuang)下, 建议(yi)应依据医疗保险可携性和责(ze)任(ren)法案(an)(HIPAA)和机(ji)构审查委员会(hui)条例, 将临床(chuang)数据存(cun)入并通过集(ji)中存(cun)储库共享. 重(zhong)要(yao)的(de)是, 当家庭(ting)成员的(de)信息对于解读(du)结果是必需(xu)的(de)时候, 相(xiang)关医务工作者(zhe)可以进一(yi)步(bu)(bu)帮助(zhu)临床(chuang)实验室收集(ji)家庭(ting)成员的(de)DNA(例如, 当评(ping)估(gu)家系(xi)患者(zhe)与疾病(bing)(bing)共分(fen)离时, 父母的(de)基因型分(fen)析可用(yong)来评(ping)估(gu)新发变(bian)异的(de)发生, 一(yi)级亲属可用(yong)来确定(ding)隐性遗传疾病(bing)(bing)变(bian)异的(de)同(tong)线(xian)(xian)或异线(xian)(xian)性). 

       医务(wu)(wu)工作(zuo)(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)如何使用(yong)基(ji)因检测提供的(de)(de)(de)证据(ju)(ju)来进行医疗管理决策(ce)(ce)(ce)(ce)是(shi)一(yi)(yi)个关键(jian)问题(ti). 目前变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)(fen)析是(shi)不(bu)(bu)(bu)完善的(de)(de)(de), 报道的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)(fen)类也并(bing)不(bu)(bu)(bu)是(shi)100%确定(ding)的(de)(de)(de).一(yi)(yi)般来说(shuo), 根据(ju)(ju)推荐的(de)(de)(de)分(fen)(fen)类方法(fa)划分(fen)(fen)为(wei)致(zhi)病性(xing)(xing)的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)符合(he)(he)经验数据(ju)(ju)形成(cheng)的(de)(de)(de)标准(zhun), 所(suo)以(yi)医务(wu)(wu)工作(zuo)(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)以(yi)在(zai)临床决策(ce)(ce)(ce)(ce)时(shi)采用(yong)分(fen)(fen)子检测信息. 应尽(jin)力避免使用(yong)此类信息作(zuo)(zuo)为(wei)孟德(de)尔疾(ji)病的(de)(de)(de)唯(wei)一(yi)(yi)证据(ju)(ju), 在(zai)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)的(de)(de)(de)情况(kuang)下(xia)应与(yu)(yu)其他临床资料相结(jie)合(he)(he). 通常情况(kuang)下(xia), 一(yi)(yi)个有(you)足(zu)够(gou)的(de)(de)(de)证据(ju)(ju)被(bei)划分(fen)(fen)为(wei)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)致(zhi)病的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi), 当与(yu)(yu)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)疑疾(ji)病的(de)(de)(de)其他证据(ju)(ju)相结(jie)合(he)(he)时(shi), 医务(wu)(wu)工作(zuo)(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)以(yi)使用(yong)分(fen)(fen)子检测信息进行临床决策(ce)(ce)(ce)(ce)的(de)(de)(de)制定(ding). 例如, 产(chan)前超声可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)显示(shi)关键(jian)的(de)(de)(de)证据(ju)(ju), 对于产(chan)后的(de)(de)(de)病例, 其他数据(ju)(ju), 如酶检测、体格(ge)检查(cha), 或影像(xiang)学(xue)研究可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)最终支持临床决策(ce)(ce)(ce)(ce). 然(ran)而, 推荐进行所(suo)有(you)如上所(suo)述的(de)(de)(de)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)的(de)(de)(de)后续检测, 追踪可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)致(zhi)病变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)相关的(de)(de)(de)附加证据(ju)(ju)的(de)(de)(de)产(chan)生, 因为(wei)这(zhei)有(you)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)将可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)的(de)(de)(de)致(zhi)病性(xing)(xing)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)重新(xin)归类为(wei)致(zhi)病变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi). 意义不(bu)(bu)(bu)明确的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)(bu)宜应用(yong)于临床决策(ce)(ce)(ce)(ce). 应努力将变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)分(fen)(fen)类为(wei)致(zhi)病性(xing)(xing)或良性(xing)(xing). 当变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)的(de)(de)(de)重新(xin)分(fen)(fen)类正在(zai)进行中(zhong)时(shi), 对可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)疑致(zhi)病的(de)(de)(de)患(huan)者(zhe)(zhe)(zhe)进行额外的(de)(de)(de)监(jian)测应审慎. 一(yi)(yi)个有(you)足(zu)够(gou)证据(ju)(ju)被(bei)考(kao)虑为(wei)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi), 医务(wu)(wu)工作(zuo)(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)以(yi)结(jie)合(he)(he)其他信息, 推断此变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)(bu)是(shi)该患(huan)者(zhe)(zhe)(zhe)致(zhi)病的(de)(de)(de)原因, 例如, 变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)并(bing)不(bu)(bu)(bu)与(yu)(yu)家族中(zhong)的(de)(de)(de)某(mou)位患(huan)病成(cheng)员共(gong)分(fen)(fen)离, 而且也不(bu)(bu)(bu)太(tai)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)能(neng)(neng)是(shi)复(fu)杂(za)遗传模式. 一(yi)(yi)个有(you)足(zu)够(gou)证据(ju)(ju)被(bei)考(kao)虑为(wei)良性(xing)(xing)的(de)(de)(de)变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi), 医务(wu)(wu)工作(zuo)(zuo)者(zhe)(zhe)(zhe)可(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)(ke)以(yi)得(de)出此变(bian)(bian)(bian)异(yi)(yi)(yi)不(bu)(bu)(bu)是(shi)该患(huan)者(zhe)(zhe)(zhe)致(zhi)病原因的(de)(de)(de)结(jie)论(lun). 

       基因检(jian)(jian)测(ce)的(de)(de)证据(ju)如(ru)何使(shi)用也依赖于临床(chuang)背景和(he)检(jian)(jian)测(ce)指征(zheng). 在(zai)(zai)产前诊断的(de)(de)病例中(zhong), 如(ru)果该家庭正在(zai)(zai)考(kao)虑的(de)(de)决定将导致不(bu)可逆(ni)的(de)(de)后(hou)果时, 如(ru)宫内治疗或终(zhong)止妊(ren)娠等(deng), 需要在(zai)(zai)采取行动之前慎重考(kao)虑报告中(zhong)证据(ju)的(de)(de)份量和(he)胎儿超声等(deng)其他信息(xi). 当基因检(jian)(jian)测(ce)结果是产前检(jian)(jian)查的(de)(de)唯一证据(ju)时, 需要向受检(jian)(jian)家庭慎重解释(shi)可能(neng)致病的(de)(de)变异(yi). 关键是相关的(de)(de)医务工作者(zhe)应(ying)与临床(chuang)实验室深入沟通, 以(yi)了解所检(jian)(jian)测(ce)到的(de)(de)变异(yi)是如(ru)何被分类的(de)(de), 以(yi)期为患(huan)者(zhe)提供准确的(de)(de)遗(yi)传咨询和(he)临床(chuang)决策(ce). 

翻译声(sheng)明

       该指(zhi)南是基于英(ying)文原(yuan)版文章(zhang)“Standards and guidelines forthe interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation ofthe American College of Medical Genetics and Genomics and the Association forMolecular Pathology”翻译而来(lai), 该英(ying)文文章(zhang)已在Genetics in Medicine杂志发表, 版权归Genetics in Medicine所有. 该中(zhong)文版本(ben)(ben)已被授(shou)权. 未(wei)经美国医(yi)学遗传(chuan)学与基因组学学会(hui)(ACMG)书面许可, 此中(zhong)、英(ying)文版本(ben)(ben)禁(jin)止复制(zhi)和使(shi)用(yong). 

免责声(sheng)明 

       ACMG制定的标准与指南作为教育资源旨在帮助临床遗传学家提供优质的临床检验服务. 遵循该标准和指南属于自愿行为并且不一定能够确保一个成功的医疗结局. 该标准和指南并不囊括所有合适的流程和检测, 也不排斥其他可以获得相同结果的流程和检测. 临床实验室遗传学家应该利用自己的专业知识, 依据病人或样本的具体情况来判断某一具体的流程或检测的合理性. 我们鼓励临床实验室遗传学家记录对病人使用的某一具体流程或检测的原理, 不管这个原理与这些标准与指南是否符合. 同时建议临床实验室遗传学家关注指南的采用时间, 应考虑到此后更新的一些相关医疗和科学信息. 还需谨慎考虑到知识产权可能会限制某些检测或流程的使用.

致谢

       感谢中国遗传学会遗传咨询分会的其他委员及参会专家对本指南中文版修订的大力支持(按姓氏拼音排序): 安锡培(中国遗传学会)、边旭明(北京协和医院)、陈嘉妮(美国Oklahoma大学医学中心)、陈万涛(上海交通大学附属第九人民医院)、段涛(上海市第一妇婴保健院)、傅启华(上海儿童医学中心)、顾东风(阜外医院)、关明(复旦大学附属华山医院)、胡娅莉(南京大学医学院附属鼓楼医院)、黄卫东(新疆佳音医院)、黄宥芯(台北马偕纪念医院)、康熙雄(首都医科大学附属北京天坛医院)、李敏(上海交通大学医学院附属仁济医院)、李秋(重庆医科大学附属儿童医院)、李亦学(上海生物信息技术研究中心)、廖敏华(台湾瑞林生物科技)、凌秀凤(南京市妇幼保健院)、刘彩霞(中国医科大学附属盛京医院)、刘嘉茵(江苏省人民医院)、刘杰(复旦大学附属华山医院)、刘丽梅(上海交通大学附属第六医院)、卢大儒(复旦大学)、卢煜明(香港中文大学)、陆国辉(美国Texas大学MDAnderson肿瘤中心)、马端(复旦大学)、茅彩萍(苏州大学附属第一医院)、尚红(中国医科大学)、孙路明(上海市第一妇婴保健院)、孙筱放(广州医科大学附属第三医院)、王红艳(复旦大学)、王艺(复旦大学附属儿科医院)、王永进(国家卫生计生委能力建设和继续教育中心)、徐晨明(国际和平妇幼保健院)、徐丛剑(复旦大学附属妇产科医院)、杨爱平(国家卫生计生委能力建设和继续教育中心)、杨慧霞(北京大学第一医院)、张世琨(中国妇幼健康研究会)、张巍(美国Baylor医学院)、张学红(兰州大学第一医院)、张艳丽(临沂市妇幼保健院)、赵欣之(复旦大学附属儿科医院)、郑波(邢台不孕不育专科医院)、朱丽萍(上海市妇幼保健院).


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